Już w okresie przygotowań do obrad okrągłego stołu w kręgach władzy pojawiła się koncepcja stworzenia stanowiska prezydenta PRL. Jego szerokie kompetencje miałyby równoważyć wpływy zalegalizowanej opozycji. Wybór prezydenta przez wybrany w częściowo wolnych wyborach parlament mógłby także wzmocnić społeczną legitymizację częściowo zreformowanego systemu.
„Proces owego dojrzewania do rozmów zakończył się dopiero wraz z rozpoczęciem rozmów okrągłego stołu wiosną 1989 r., gdy zapadały decyzje co do kształtu ustrojowego Polski. Strona rządowa dążyła wówczas do stworzenia Jaruzelskiemu stanowiska superprezydenta, czyli urzędu, który zapewniałby mu tak naprawdę dalsze rządzenie” – powiedział w rozmowie z PAP prof. Antoni Dudek. W jego opinii plan strony rządowej zakładał utrzymanie ogromnego wpływu na przemiany polityczne w PRL, aż do końca kadencji prezydenckiej.
5 kwietnia 1989 r., po dwóch miesiącach przeciągających się negocjacji, w których trakcie kilkukrotnie dochodziło do sytuacji kryzysowych, nastąpiło podpisanie porozumień i uroczyste posiedzenie plenarne zamykające obrady okrągłego stołu. Wśród zapisów układu znalazło się m.in. ustanowienie urzędu prezydenta wybieranego przez Zgromadzenie Narodowe, złożone z posłów i senatorów. Zapewnienie sobie przez komunistów i ich sojuszników 65 proc. miejsc w Sejmie oraz przynajmniej części mandatów senackich dawało dużą szansę na wybór na urząd prezydenta kandydata reprezentującego ich interesy.
Przewidywania kierownictwa PZPR i otoczenia Jaruzelskiego wydawały się zagrożone po porażce wyborczej z 4 czerwca 1989 r. Klęska w wolnym głosowaniu do Senatu sprawiała, że opozycja przy „zdradzie” części posłów obozu rządowego mogła zablokować wybór oczywistego kandydata na prezydenta. Wynik wyborów czerwcowych sprawiał również, że obsadzenie tego urzędu stawało się dla PZPR jeszcze ważniejsze niż w przypadku umiarkowanego zwycięstwa opozycji.
„Konsekwencją porażki musiało być oddanie władzy wykonawczej i zachowanie w osobie prezydenta gwaranta wpływu na sprawy bezpieczeństwa zewnętrznego i wewnętrznego” – opowiadał kilka lat po okrągłym stole Ireneusz Sekuła, wiceprezes Rady Ministrów w rządzie Mieczysława F. Rakowskiego.
W kolejnych dniach wysłannicy Jaruzelskiego i Czesława Kiszczaka spotkali się z niektórymi działaczami „Solidarności”, m.in. z Jackiem Kuroniem i Adamem Michnikiem, aby dowiedzieć się, czy legalna opozycja zakłada stworzenie rządu w koalicji z PZPR i jej sojusznikami. Miesiąc później, tuż przed wyborem Jaruzelskiego na prezydenta, na posiedzeniu Biura Politycznego KC PZPR gen. Kiszczak wyjaśniał motywy organizacji tych spotkań.
„Nie można też rezygnować z angażowania do współpracy bardzo ambitnej politycznie części działaczy i doradców wywodzących się z byłego KSS +KOR+, a wywierających znaczny wpływ na Wałęsę oraz opozycyjną elitę intelektualną” – podkreślił.
Jak zauważa w książce „Reglamentowana rewolucja” prof. Antoni Dudek, powodem prowadzenia zakulisowych negocjacji właśnie z tą częścią opozycji było nawiązywanie przez nią i członków obozu władzy trudnej „dziś do odtworzenia sieci powiązań polityczno-towarzyskich, której fundament stanowiło przekonanie o konieczności utrzymania odgórnej kontroli nad procesem przemian i ograniczenie do minimum skali jego spontaniczności”.
Wśród opozycjonistów reprezentujących inne środowiska „Solidarności” również coraz częściej zakładano, że celem musi być przejęcie części władzy poprzez porozumienie z częścią obozu władzy. 10 czerwca 1989 r. na spotkaniu z działaczami „S” w Elblągu senator Jarosław Kaczyński oświadczył, że „w przypadku przyjęcia wariantu współudziału w sprawowaniu władzy należy uczynić to z zagwarantowaniem objęcia funkcji premiera”. Jarosław Kaczyński kilka tygodni później został jednym z najważniejszych architektów zawarcia koalicji OKP ze Stronnictwem Demokratycznym i Zjednoczonym Stronnictwem Ludowym. Jednak punkt ciężkości negocjacji pomiędzy OKP a otoczeniem Jaruzelskiego znajdował się wśród członków „Solidarności” związanych ze środowiskiem KOR. Na ich marginesie pozostawał premier Mieczysław F. Rakowski, który sprzeciwiał się układowi, w jakim PZPR straciłaby możliwość obsadzenia stanowiska premiera.
W wywiadzie z 9 czerwca kandydowania na urząd prezydenta nie wykluczył lider „Solidarności” Lech Wałęsa. Służba Bezpieczeństwa informowała, że w jego otoczeniu coraz częściej debatowano o objęciu przez przedstawiciela „S” stanowiska premiera lub prezydenta. Dwa dni później temperaturę dyskusji nad wyborem prezydenta podniósł główny propagandysta systemu Jerzy Urban, który orzekł, iż wybór Wojciecha Jaruzelskiego został przesądzony podczas obrad okrągłego stołu. Jego wypowiedź spotkała się ze sprzeciwem „Solidarności”.
W następnych dniach przedstawiciele PZPR w sprawie wyboru Jaruzelskiego naciskali także na przedstawicieli episkopatu, którzy mieli skłonić liderów „S” do zaakceptowania tego scenariusza. Argumentem miały być m.in. nastroje wśród kadry oficerskiej wojska i milicji, które, jak sugerowano, mogły „nie zaakceptować” wyboru na urząd prezydenta innego kandydata niż Jaruzelski. Zachowane dokumenty nie wskazują na pojawianie się w resortach siłowych tego rodzaju nastrojów. Również część posłów ZSL i SD opowiadała się przeciwko wyborowi generała.
1 lipca nad sprawą wyboru prezydenta dyskutowali członkowie tworzącego się Obywatelskiego Klubu Parlamentarnego. Część z nich wysunęła propozycję wystawienia kandydatury Lecha Wałęsy. Lider „Solidarności” odrzucił jednak taką możliwość.
„Nie chcę być prezydentem, ponieważ umiem liczyć i wyliczyłem. Trzeba myśleć i brać decyzję za Polskę. Mam poparcie wśród was, wśród robotników z Zachodu, ale żadnego ze Wschodu. To nie jest asekuranctwo, po prostu nie da się mieszkać wśród pokłóconych sąsiadów” – powiedział Wałęsa. Trzy dni później podczas spotkania z gen. Kiszczakiem w willi przy ul. Zawrat w Warszawie stwierdził, że OKP poprze wybór Jaruzelskiego.
Sprawa wyboru generała na urząd prezydenta napotykała opór wielu środowisk spoza głównego nurtu dawnej opozycji antysystemowej. Już 30 czerwca na warszawskim placu Unii Lubelskiej środowiska młodzieżowe zorganizowały manifestację pod hasłem „Jaruzelski – musisz odejść”. Na transparentach pojawiło się też hasło rozliczenia zbrodni stanu wojennego. Kilka godzin trwały starcia z ZOMO z użyciem kamieni, petard i butelek z benzyną.
Relacja z zajść na ulicach stolicy ukazała się na łamach „Gazety Wyborczej” 3 lipca. Tego samego dnia większą część pierwszej strony zajmował tekst redaktora naczelnego „GW” Adama Michnika pt. „Wasz prezydent, nasz premier”.
„Potrzebny jest układ nowy, możliwy do zaaprobowania przez wszystkie główne siły polityczne. Nowy, ale gwarantujący kontynuację. Takim układem może być porozumienie, na mocy którego prezydentem zostanie wybrany kandydat z PZPR, a teka premiera i misja sformowania rządu powierzona kandydatowi +Solidarności+” – podkreślał Michnik. Jego zdaniem ten wybór otwierał drogę do powstania „wielkiej koalicji” rządowej. Swoją propozycję redaktor naczelny uzasadniał także „uwarunkowaniami zewnętrznymi” oraz pozostawaniem resortów siłowych pod kontrolą PZPR. W ostatnim zdaniu artykułu Michnik zaznaczył, że „nowy układ” będzie „wiarygodny dla Polski i świata”.
Na propozycję Michnika negatywnie zareagowała część przedstawicieli „S”. Na łamach „Tygodnika Solidarność” jego redaktor naczelny Tadeusz Mazowiecki zaznaczył, że „pospieszne domaganie się udziału we władzy może zniszczyć właściwą opozycji odpowiedzialność za państwo, a wcale nie zbudować skutecznej i trwałej odpowiedzialności za państwo”.
Poparcia kandydaturze Jaruzelskiego udzielił goszczący w Polsce w dniach 10–11 lipca prezydent USA George Bush. Celem amerykańskiej dyplomacji było zapewnienie maksymalnej stabilności przemianom zachodzącym w PRL. Jako ich gwaranta postrzegano właśnie Jaruzelskiego.
Mimo to Wojciech Jaruzelski wciąż nie był pewny poparcia sojuszników z ZSL i SD oraz parlamentarzystów OKP. Ostatecznie dopiero 18 lipca potwierdził swoją kandydaturę. Dzień później, 19 lipca 1989 r., Zgromadzenie Narodowe wybrało go (przewagą jednego głosu) na prezydenta PRL.