W drugiej połowie lat 50. XIX w., po klęsce Rosji w wojnie krymskiej, na nowo rozbudziły się nadzieje Polaków na odzyskanie niepodległości. Na obszarach należących dawniej do Rzeczpospolitej rozpoczęto organizowanie stowarzyszeń spiskowych, których uczestnicy podjęli przygotowania do walki. Wśród aktywnie działających kół konspiracyjnych przeważały dwie postawy. Tzw. obóz "czerwonych" był zwolennikiem zbrojnej walki o niepodległość i wzywał do powstania narodowego. Stronnictwo "białych", choć również nastawione niepodległościowo, było przeciwne zbyt szybkim planom zrywu, propagując idee pracy organicznej.
W czerwcu 1860 r. pogrzeb wdowy po bohaterze Powstania Listopadowego gen. Józefie Sowińskim w Warszawie przekształcił się w narodową demonstrację i zapoczątkował kolejne manifestacje patriotyczne. W lutym 1861 roku, w 30. rocznicę bitwy pod Olszynką Grochowską, zorganizowano pochód, którego uczestnicy nieśli chorągiew z Orłem i Pogonią. Na Rynku Starego Miasta został on rozpędzony przez żandarmów. Dwa dni później na Placu Zamkowym odbyła się wielka procesja żądająca uwolnienia aresztowanych i przyznania praw narodowych. Rosjanie zaatakowali zabijając pięciu jej uczestników.
Przełomowe znaczenie miała patriotyczna manifestacja zorganizowana 8 kwietnia 1861 roku na Placu Zamkowym w Warszawie krwawo rozpędzona przez rosyjskie wojsko, które strzelało do bezbronnych ludzi. Zginęło co najmniej 200 osób, 500 zostało rannych. Namiestnik carski Michaił Gorczakow pisał do cara Aleksandra II: "Nauka silnie poskutkowała; wszystko teraz cicho i drży ze strachu". Jednak demonstracje, nabożeństwa patriotyczne, obchody rocznic, odbywały się nadal w Warszawie a także m.in. w Kaliszu, Płocku, Radomiu, Lublinie.
Garnizon warszawski został przez władze carskie podwojony. 14 października 1861 roku władze rosyjskie wprowadziły na terenie Królestwa Polskiego stan wojenny. Na ulicach Warszawy biwakowało wojsko, zatoczono armaty. Trzy dni później 17 października - powstał Komitet Miejski ugrupowania ”czerwonych”, mający przygotować powstanie, przekształcony w 1862 roku w Centralny Komitet Narodowy.
Pod koniec stycznia 1862 roku car podjął decyzję o utworzeniu w Królestwie władz cywilnych. Określając granice reform stwierdzał: "Ani konstytucji, ani armii polskiej; żadnej autonomii politycznej; duża autonomia administracyjna". 22 maja 1862 roku Aleksander II mianował swojego brata w. ks. Konstantego Mikołajewicza namiestnikiem Królestwa Polskiego, a naczelnikiem rządu cywilnego margrabiego Aleksandra Wielopolskiego.
Wielopolski wprowadził w życie niektóre z reform społecznych m.in. oczynszował chłopów i ogłosił nową ustawę oświatową, co nie uspokoiło jednak sytuacji w Królestwie. Jego reakcją na przygotowania powstańcze było ogłoszenie w październiku 1862 roku nowych zasad poboru do wojska rosyjskiego, tzw. branki. Po raz pierwszy od kilkunastu lat miała się ona odbyć nie przez losowanie, ale na podstawie imiennych list. Celem tych działań było rozbicie struktur konspiracyjnych. "Wrzód wezbrał i rozciąć go należy. Powstanie stłumię w ciągu tygodnia i wtedy będę mógł rządzić" - mówił Wielopolski swoim zaufanym współpracownikom.
Brankę przeprowadzono w Warszawie niespodziewanie w nocy z 14 na 15 stycznia 1863 r. Decyzja ta była bezpośrednią przyczyną wybuchu powstania. Następnego dnia Komitet Centralny Narodowy ogłosił Wielopolskiego "wielkim nikczemnym zbrodniarzem i zdrajcą". 19 stycznia Komitet uchwalił powierzenie dyktatury i naczelnego dowództwa powstania gen. Ludwikowi Mierosławskiemu.
22 stycznia 1863 roku Komitet Centralny Narodowy wydał Manifest ogłaszający powstanie i powołujący Tymczasowy Rząd Narodowy. "Nikczemny rząd najezdniczy rozwścieklony oporem męczonej przezeń ofiary postanowił zadać jej cios stanowczy - porwać kilkadziesiąt tysięcy najdzielniejszych, najgorliwszych jej obrońców, oblec w nienawistny mundur moskiewski i pognać tysiące mil na wieczną nędzę i zatracenie. Młodzież polska poprzysięgła sobie +zrzucić przeklęte jarzmo lub zginąć+. Za nią więc narodzie polski, za nią! Po straszliwej hańbie niewoli, po niepojętych męczarniach ucisku, Centralny Narodowy Komitet, obecnie jedyny legalny Rząd twój Narodowy, wzywa cię na pole walki już ostatniej, na pole chwały zwycięstwa, które Ci da i przez imię Boga na niebie dać poprzysięga" - napisano w Manifeście.
Powstańcy, mimo niewystarczającego uzbrojenia i braków kadrowych, atakowali rosyjskie placówki praktycznie na terenie całego Królestwa Polskiego. Władze zrywu wzywały do udziału w nim również "braci Litwinów i Rusinów", co spowodowało rozszerzenie obszaru walk na wschód.
Jak oceniają historycy, podczas powstania miało miejsce ponad tysiąc starć, a w siłach polskich uczestniczyło w sumie ok. 200 tys. osób. Pomimo pewnych sukcesów oddziałów powstańczych, w związku z przewagą armii rosyjskiej, siły zaborcze zaczęły uzyskiwać przewagę. Pod koniec 1863 roku łączny stan wojsk rosyjskich wynosił ponad 400 tysięcy żołnierzy - 170 tysięcy w Królestwie Polskim, na Litwie 145 tysięcy, a na Ukrainie - 90 tysięcy. Rząd Narodowy miał w polu jednocześnie nie więcej niż 10 tysięcy partyzantów.
Władze zrywu zabiegały o pozyskanie do walk chłopów, lecz przeszkodził w tym carski ukaz uwłaszczeniowy z marca 1864 r., przyznający im na własność uprawianą ziemię. Powstanie zaczęło już wtedy powoli upadać, ostatnie walki toczyły się miejscami jeszcze do jesieni 1864 r.
Ludwik Mierosławski wobec przegranej w prowadzonych walkach po miesiącu utracił funkcję. Później dyktatorami powstania byli Marian Langiewicz i Romuald Traugutt, który stal się tragicznym symbolem powstania. W nocy z 10 na 11 kwietnia 1864 roku na skutek denuncjacji rosyjska policja aresztowała Traugutta w jego warszawskiej kwaterze. Więziony na Pawiaku, następnie przewieziony do X Pawilonu Cytadeli Warszawskiej, podczas śledztwa nie zdradził towarzyszy.
19 lipca 1864 roku rosyjski sąd wojskowy skazał go na śmierć przez powieszenie. Wyrok wykonano na stokach Cytadeli Warszawskiej 5 sierpnia 1864 roku o godz. 10. Tuż przed egzekucją, której świadkiem był 30-tysięczny tłum, dyktator ucałował krzyż. Razem z Trauguttem stracono innych uczestników powstania - Rafała Krajewskiego, Józefa Toczyskiego, Romana Żulińskiego i Jana Jeziorańskiego.
Po zakończeniu powstania Polaków dotknęły liczne represje m.in. konfiskata majątków szlacheckich, kasacja klasztorów na obszarze Królestwa Polskiego, wysokie kontrybucje, a przede wszystkim aktywna rusyfikacja. Za udział w powstaniu władze carskie skazały na śmierć co najmniej 669 osób. Na zesłanie skazano przynajmniej 38 tysięcy osób.
"Sądząc z pozoru, po klęsce powstania sprawa polska dosięgła dna. Autonomia Królestwa uległa likwidacji, język polski wyrugowano ze szkół i urzędów, zamknięto Szkołę Główną. Ze sprawą polską przestano się liczyć na arenie międzynarodowej (...) W jednej dziedzinie przegrana w roku 1863 miała charakter nieodwracalny. Uwłaszczenie złamało w Królestwie hegemonię posiadającej szlachty (...) Pokonani przywódcy powstania głosili z podniesionym czołem, że wygrali sprawę, ponieważ uwłaszczyli chłopów" - tak zryw podsumował Stefan Kieniewicz w publikacji "Powstanie styczniowe".