Na początku XVI wieku Europa była kontynentem przeżywającym wielkie przemiany cywilizacyjne. Odkrycia geograficzne rozszerzyły horyzonty ówczesnych Europejczyków i zmieniły dotychczasową wizję świata. Sam kontynent wciąż łączyła wspólna wiara i podporządkowanie lokalnych kościołów Rzymowi. Piętnastowieczne ruchy „heretyckie”, takie jak husytyzm, wydawały się należeć do innej epoki. Znacznie żywsza była pamięć o dramatycznym upadku Konstantynopola w 1453 r. Klęska wschodniego chrześcijaństwa nie skłaniała jednak do podjęcia wielkich reform Kościoła. Te były postulowane przez najwybitniejszych intelektualistów, takich jak Erazm z Rotterdamu. Jego idee rozprzestrzeniały się wśród wykształconych elit dzięki nowemu i coraz bardziej popularnemu wynalazkowi druku. Za sprawą drukowanych książek ośrodkami dyskusji naukowej były już nie tylko mury nielicznych uniwersytetów i bibliotek klasztornych, ale również dwory królewskie, książęce i możnowładcze. Zaciekłe dyskusje prowadzili również przedstawiciele rosnącego w siłę mieszczaństwa.
Szczególną pozycję mieszczanie zdobyli w miastach północnych Włoch, Niderlandach i państwach niemieckich. W jednym z tych państw – Saksonii - w 1483 r. urodził Marcin Luter. Jego ojciec był rolnikiem. Dzięki małżeństwu z córką poważanego mieszczanina z Eisleben zajął się dzierżawą jednego z pieców hutniczych należących do lokalnego hrabiego.
Hans Luder (tak początkowo zapisywano nazwisko rodu) pragnął, aby jego najstarszy syn – Marcin został prawnikiem. Około 1501 r. młody Marcin Luter rozpoczął studia na wydziałach nauk wyzwolonych i prawa uniwersytetu w Erfurcie. W 1505 r. wstąpił do zakonu augustianów i dwa lata później przyjął śluby zakonne. Przywdzianie habitu było według jego opowieści konsekwencją ślubu złożonego podczas ogromnej burzy, która kilka lat wcześniej zastała go w drodze z uniwersytetu do domu rodzinnego.
Już jako augustianin rozpoczął wykłady na uniwersytetach w Erfurcie i Wittenberdze. Ich głównym tematem była zdobywająca coraz większą popularność filozofia Arystotelesa. W wielu wystąpieniach uniwersyteckich krytykował dominującą w średniowieczu filozofię scholastyczną. Lektury i dyskusje z innymi uczonymi kształtowały jego poglądy i stały się podstawą do sformułowania opublikowanych w 1517 r. 95 tez. Innym ważnym impulsem była dla Lutra pielgrzymka do Rzymu w 1510 r. W stolicy Państwa Kościelnego młody augustianin był zszokowany rozwiązłością wielu duchownych i pogardą dla zasad życia zakonnego. Papież Juliusz II prowadził politykę, którą Luter postrzegał jako całkowicie świecką, typową dla władców włoskich miast. Jedną z jego ambicji była budowa nowej Bazyliki św. Piotra. Do jej sfinansowania potrzebował ogromnych środków. Jedną z dróg do ich zdobycia miała być sprzedaż odpustów. Ten zwyczaj wywoływał ogromną niechęć Lutra.
Sprzedaż odpustów była popularna również w Niemczech. W 1514 r. papież zezwolił arcybiskupowi Moguncji Albrechtowi Hohenzollernowi na sprzedaż odpustów, która miała sfinansować koszty uzyskania przez niego tego ważnego urzędu kościelnego. Zdaniem historyków początkowo Luter planował wyłącznie wystosować do arcybiskupa list z załączonymi 95 tezami wraz z pełnym szacunku zaproszeniem do dyskusji. Nie otrzymawszy odpowiedzi zdecydował się na ich opublikowanie. Jednak informacja o przybiciu ich na drzwiach kaplicy elektorskiej w Wittenberdze uznawana jest dziś za legendarną. Opowieść ta pojawiła się dopiero w latach czterdziestych XVI w. Bez wątpienia już jesienią 1517 r. spisane przez Lutra tezy były rozpowszechniane w odpisach i wykonywanych bez jego wiedzy drukach ulotnych. W liście z wiosny 1518 r. stwierdzał wręcz, że jego pismo było przeznaczone dla wąskiego kręgu odbiorców i żałował, że zyskało ono tak wielki zasięg.
Głównym tematem tez Lutra jest pokuta za grzechy. Już w pierwszej tezie stwierdzał, że wolą Boga jest, aby „całe życie wiernych było nieustanną pokutą”. Jej celem miało być zwalczanie grzechu. W tezie 36. odrzucał handel odpustami i jego skuteczność: „Każdy chrześcijanin, prawdziwie żałujący za swoje grzechy, ma i bez listu odpustowego zupełne odpuszczenie męki i winy”. W kilkunastu tezach Luter zwracał uwagę na wagę Ewangelii: „Istotny, prawdziwy skarb Kościoła to święta Ewangelia chwały i łaski Bożej”. W ostatnich tezach wzywał wiernych, aby „usiłowali iść za Chrystusem” i potępiał fałszywych kaznodziejów.
„Luter nie był Napoleonem reformacji. Nie opracował żadnego ustrojowego lub wojskowego planu reformy. Posiadał jednak wielką wiedzę teologiczną, która mu pozwoliła stworzyć podstawy reformy” – podkreślał John M. Todd, autor klasycznej monografii „Reformacja”. „Doktor Marcin, jak uczeń czarnoksiężnika z ballady Goethego, nie zdawał sobie sprawy z konsekwencji” – pisał o tezach Lutra Stanisław Grzybowski w „Narodzinach świata nowożytnego”. Jego zdaniem, również najwyżsi hierarchowie Kościoła postrzegali jego pierwsze działania jako spór zakonu augustianów z wpływowymi dominikanami. Dowodem na to było wielkie wsparcie jakie otrzymał od swoich współbraci i innych wykładowców uniwersyteckich.
W 1518 r. papież próbował dyscyplinować Lutra. Został on wezwany do Rzymu, ale jego przesłuchanie przez legata papieskiego, dzięki wstawiennictwu elektora saskiego Fryderyka Mądrego, zostało przeniesione do Augsburga. Wysłannik papieża zażądał od Lutra odwołania wszystkich tez. W ich sporze zarysował się późniejszy konflikt między katolikami i protestantami. Legat powoływał się na prawo kanoniczne i dokumenty papieskie, Luter wyłącznie na Pismo Święte.
Do zupełnego zerwania Lutra i jego zwolenników z Kościołem katolickim doszło jednak dopiero w sierpniu 1520 r., gdy papież Leon X wydał bullę „Exsurge domine”, w której zagroził Lutrowi i jego zwolennikom ekskomuniką. Odpowiedzią przywódcy ruchu reformacyjnego było spalenie papieskiego dokumentu. 3 stycznia 1521 r. Luter został ekskomunikowany. Kilka miesięcy wcześniej opublikował jedno ze swoich najważniejszych „pism programowych”. W napisanym po niemiecku manifeście „Do chrześcijańskiej szlachty niemieckiego narodu o poprawie chrześcijańskiego stanu” postulował działania na rzecz odnowy Kościoła i odrzucał założenie, że tylko papież ma prawo interpretowania Pisma Świętego.
Skutkiem ekskomuniki była z reguły kara śmierci. Lutra uratowała protekcja panującego w Saksonii Fryderyka Mądrego. Również sprzymierzony z Fryderykiem cesarz Karol V nie zamierzał karać Lutra. Wezwał go do stawienia się przed Sejmem Rzeszy w Wormacji. W trakcie jego obrad zapytany o to, czy chce odwołać swoje poglądy, wypowiedział słynne słowa: „Przy tym stoję, nie mogę inaczej”. Zanim ogłoszono go banitą i potępiono za głoszone przez niego poglądy Luter wyjechał z Wormacji. W drodze powrotnej został porwany przez wysłanników Fryderyka Mądrego. To tajemnicze zdarzenie spowodowało wzrost antycesarskich nastrojów w całych Niemczech. Luter znalazł bezpieczne schronienie na zamku Fryderyka Mądrego w Wartburgu. Tam pracował nad kolejnymi pismami i tłumaczeniem Pisma Świętego na niemiecki. W tym czasie wielu jego zwolenników rozpoczęło wcielanie swojej wizji reformy Kościoła. Rozpoczęto udzielanie komunii pod postacią chleba i wina, niszczono wizerunki świętych, zamykano klasztory. Po powrocie do Wittenbergi wiosną 1522 r. Luter potępił tak radykalne działania.
Debata nad reformą Kościoła rozlewała się już na całą Rzeszę. Nie byłaby ona możliwa bez wykorzystania nowej formy przekazywania informacji, czyli druku. Na początku XV w. drukarze odkryli, że dzięki złożeniu dużego arkusza papieru można uzyskać nawet sześćdziesiąt stron. Ta liczba wystarczała do publikowania większości ówczesnych broszur teologicznych. W 1524 r. w Rzeszy ukazało się około 2400 pism ulotnych w ogromnym nakładzie 2,5 mln egzemplarzy. Tłumaczenie Nowego Testamentu autorstwa Lutra w ciągu trzech lat wznawiano 42 razy. Luter wydawał również traktaty dotyczące spraw społecznych, między innymi wyznawców judaizmu. Początkowo Luter uważał, że jest możliwe ich nawrócenie na chrześcijaństwo zreformowane w duchu jego tez. W kolejnych latach głosił zupełnie inne poglądy. „Podpalać ich synagogi i szkoły, a co nie da się spalić, na to narzucić ziemi i przysypać, żeby żaden człowiek nie oglądał po wieki ani kamienia” – pisał w 1543 r. w traktacie „O Żydach i ich kłamstwach”.
Jednym z rezultatów debat było pojawienie się nowych, znacznie radykalniejszych od Lutra zwolenników reformacji. W 1524 r. w Rzeszy wybuchło powstanie, które do historii przeszło jako wojna chłopska. Postulowane przez Lutra prawo wyboru proboszczów przez lokalne wspólnoty skłoniło chłopów do podważenia dotychczasowego porządku społecznego, między innymi ich obowiązków wobec właścicieli ziemskich. Ich radykalizm wzmacniali wykształceni przywódcy, tacy jak Tomasz Müntzer, który postulował stworzenie „królestwa bożego na ziemi”. Grabieże i mordy opanowały ogromną część Rzeszy. Reakcja Lutra była równie brutalna. „Trzeba ich bić, dusić i żgać, skrycie i jawnie, gdzie kto może, tak jak zabić się musi psa wściekłego” – pisał w 1525 r. w broszurze „Przeciwko zbójeckim i morderczym hordom chłopów”.
Kres największemu z chłopskich wystąpień położyła bitwa pod Frankenhausen w Turyngii i seria krwawych pacyfikacji. Liczbę ich ofiar szacuje się na około 100 tysięcy. W tym samym czasie powstanie w Sambii stłumił lennik Polski, książę Prus Albrecht Hohenzollern, władca pierwszego ewangelickiego państwa w Europie.
Postawa Lutra sprawiła, że drogi wielu z reformatorów rozeszły się. Luter stanął po stronie „reformacji książęcej”, której podstawowym założeniem było związanie losów lokalnych kościołów z wolą władców. Ich głównym celem było wzmocnienie swojej władzy i całkowite uzależnienie się od wpływów cesarza.
W 1529 r. na sejmie Rzeszy w Spirze stojący po stronie Lutra władcy niemieckich państw i przedstawiciele wielu miast złożyli uroczysty protest przeciwko polityce cesarza i edyktowi wormackiemu potępiającemu Lutra. Stąd określenie „protestanci”. Rok później, na Sejmie w Augsburgu współpracownik Lutra Filip Melanchton ogłosił zawierające podstawy doktryny luterańskiej „Wyznanie augsburskie”. „Sejm augsburski wykazał nierealność prób porozumienia, nadziei, że uda się uratować jedność chrześcijaństwa zachodniego” – pisał Stanisław Grzybowski. Dla obrony własnej niezależności książęta niemieccy powołali tzw. związek szmalkaldzki. Przełomem w konflikcie religijnym w Rzeszy był zawarty w 1555 r. pokój augsburski, ustanawiający zasadę „cuius regio, eius religio” („czyj kraj, tego religia”). Ugoda niemieckich protestantów i katolików w praktyce dawała władcom możliwość wyboru wyznania i narzucenia go swoim poddanym.
Idea kościołów narodowych zyskiwała popularność w całej północnej Europie. Sekularyzacja Prus w 1525 r. otworzyła drogę do powstania pierwszego luterańskiego księstwa. W 1529 r. Kościół narodowy powołano w Szwecji. W tym samym roku luteranizm przyjęto w Danii. W 1534 r. z Rzymem zerwał król Anglii Henryk VIII. Jego decyzja nie była jednak motywowana teologicznie i doktrynalnie, lecz politycznie i dynastycznie.
Marcin Luter zmarł w 1546 r. Wielu historyków podkreśla, że w ostatnich latach swojego życia był rozczarowany skutkami reformacji i pogłębiającymi się podziałami wśród wyznawców nowych Kościołów. Na jego nastrój wpływało również okrzepnięcie Kościoła katolickiego. W grudniu 1545 r., po wielu latach przygotowań papież Paweł III otworzył obrady soboru w Trydencie. Postanowienia soboru trydenckiego zdeterminowały rozwój i funkcjonowanie katolicyzmu na kolejne stulecia. W ciągu kilkunastu lat obrad uznano tradycję Kościoła za podstawę wiary na równi z Pismem Świętym, sprecyzowano doktrynę, odnowiono administrację kościelną, ustanowiono nową formę mszy świętej oraz usystematyzowano sposób kształcenia kleru. Katolicyzm ożywiły również reformy życia zakonnego oraz powołanie nowych zakonów, z których najważniejszym okazało się Towarzystwo Jezusowe (SJ).
Założyciel zakonu jezuickiego św. Ignacy Loyola podczas studiów na paryskiej Sorbonie w latach trzydziestych spotkał młodszego o kilkanaście lat Jana Kalwina (1509-1564). Zmuszony do wyjazdu z Francji objął przywództwa gminy ewangelików w Genewie. W ciągu kolejnych kilkunastu lat stworzył doktrynę idącą znacznie dalej niż idee Lutra. Kalwin odrzucił większość sakramentów, niemal całość znanej z Kościoła katolickiego obrzędowości, kult świętych oraz samą mszę świętą zastąpioną „świętą wieczerzą”. Kluczem do jego idei była jednak doktryna predestynacji, która zakładała, że dusze ludzkie są z góry przeznaczone z łaski Boga do zbawienia. Kalwin odrzucał również powiązanie zreformowanego Kościoła z państwem. W jego opinii Kościół kalwiński miał być wspólnotą gmin, zborów, których „najbogatsi i najznaczniejsi” członkowie mieli wybierać swoich pastorów. Szczególną popularnością kalwinizm cieszył się w Szkocji, Niderlandach i Francji. Symbolem długotrwałego konfliktu francuskich hugenotów i katolików stała się rzeź w noc św. Bartłomieja w 1572 r.
W Polsce i na Litwie kalwinizm zdobył szerokie wpływy wśród szlachty i magnaterii, krytycznej wobec wzmacniania instytucji państwa Zdaniem socjologa Maxa Webera doktryna predestynacji wpłynęła na ukształtowanie się nowoczesnego kapitalizmu, ponieważ zakładała, że widoczne oznaki powodzenia w życiu ziemskim są zapowiedzią przyszłego zbawienia. Z myśli Kalwina czerpało wiele powstających w kolejnych dziesięcioleciach wspólnot i sekt, takich jak antytrynitarze, purytanie, menonici i kwakrzy.
Do Polski echa reformacji dotarły stosunkowo szybko. Na jej charakter wpłynęła istniejąca od dawna różnorodność religijna Polski i Litwy. Pomimo prób wprowadzenia w latach dwudziestych XVI w. aktów ograniczających rozwój luteranizmu zdobywał on znaczące wsparcie wśród wywodzącego się z Niemiec patrycjatu zamieszkującego miasta oraz części szlachty. Przyzwoleniem dla zachowania tolerancji wobec nowych wyznań były słowa Zygmunta Augusta: „ nie jestem władcą ludzkich sumień” oraz prowadzone na dworze królewskim rozważania nad zwołaniem soboru narodowego i ustanowieniem niezależnego od Rzymu Kościoła.
Ukoronowaniem polskiej reformacji był akt konfederacji warszawskiej z 1573 r. „Jej sygnatariusze zobowiązali się do nienarzucania wiary przemocą; gdyby zaś władza zwierzchnia próbowała wszcząć prześladowania religijne, mieli się temu zdecydowanie przeciwstawić. Konfederacja warszawska gwarantowała szlachcie pełną swobodę w wyborze wyznania, ponieważ zaś nie określała, o jaką konfesję chodzi, dopuszczała przeto do istnienia w ówczesnej Rzeczypospolitej przeróżnych sekt i kościołów" - podkreślają autorzy publikacji „Konfederacja warszawska 1573 roku. Wielka karta polskiej tolerancji”. Poza głównym nurtem polskiej reformacji rozwijały się wspólnoty braci polskich, których doktryna podważała istnienie Trójcy Świętej. Głównymi ośrodkami ruchu były: Pińczów oraz Raków, gdzie w 1602 r. powstała tzw. Akademia Rakowska.
Dialog ekumeniczny pozwolił na ocenę efektów reformacji i reform Kościoła katolickiego w XVI wieku w sposób uwzględniający argumentację obu stron. W dokumencie wydanym w pięćsetną rocznicę urodzin Marcina Lutra papież Jan Paweł II stwierdził: „Nie powinniśmy ulegać pokusie, by stawać się sędziami historii, ale tylko mieć na celu lepsze zrozumienie wydarzeń, aby stać się nosicielami prawdy. Tylko poddając się bez zastrzeżeń procesowi oczyszczania poprzez prawdę, możemy znaleźć wspólną interpretację przeszłości, osiągając zarazem nowy punkt wyjścia dla dzisiejszego dialogu”.