Fundacja pod nazwą Zakład Narodowy im. Ossolińskich została utworzona w 1817 roku przez Józefa Maksymiliana hr. Ossolińskiego. Na siedzibę Zakładu wybrano Lwów, bo w 1817 r. cesarz Franciszek I odnowił we Lwowie Uniwersytet. Zezwolił także na utworzenie uniwersyteckiej katedry języka polskiego i literatury polskiej, której program, na polecenie cesarza, miał przygotować J. M. Ossoliński.
„Ossolineum to instytucja, przed którą przed dwustu laty jej twórca postawił trudne zadanie. Miała ona pomagać zniewalanemu narodowi w zachowaniu własnej tożsamości. Ossoliński uznał, że skutecznie służyć będzie temu przedsięwzięciu instytucja, w skład której wejdą biblioteka, muzeum i wydawnictwo. Ossolińskie zbiory biblioteczne i muzealne ułatwiały historykom i twórcom literackim badanie dziejów Rzeczpospolitej i jej związków z Europą, a publikacje ossolińskiej oficyny wydawniczej docierały do Polaków we wszystkich zaborach” – mówił dr Juzwenko.
„Książę Henryk Lubomirski przekazał Ossolineum swą kolekcję dzieł sztuki. Składały się na nią muzealia: malarstwo, miniatury, rzeźby, broń oraz rysunki dawnych mistrzów, w tym Dürera i Rembrandta. Zbiory tworzyły osobną część Zakładu pod nazwą Muzeum Lubomirskich” – opowiadał wicedyrektor Ossolineum dr Marcin Szeląg.
Okres II Rzeczypospolitej to czas rozkwitu przede wszystkim oficyny wydawniczej. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w okresie międzywojennym publikowano tam rozprawy z historii piśmiennictwa polskiego, podręczniki, prace krytyczne.
„W 1939 r. Ossolineum znowu jest miejscem zaufania. Lwowiacy ze swoim kolekcjami sztuki i książkami przychodzą do Ossolineum. Składają w depozyt w zakładzie narodowym swoje zbiory bo liczą, że ta instytucja przetrwa i ich zbiory zostaną ochronie przed zniszczeniem” - podkreślił dr Juzwenko.
31 stycznia 1940 r. Akademia Nauk Ukraińskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej podjęła decyzję o przejęciu zbiorów i utworzeniu z Ossolineum Biblioteki Lwowskiej Filii AN USRR. Zlikwidowano Muzeum Książąt Lubomirskich i rozdzielono jego zbiory pomiędzy lwowskie muzea, pozostające pod zarządem Ukraińców.
Po wkroczeniu Niemców do Lwowa w lipcu 1941 r. Biblioteka Lwowska - Filia AN USSR - przestała istnieć, a Ossolineum zostało powierzone przez Główny Wydział Nauki i Nauczania rządu Generalnego Gubernatorstwa pod zarząd kustoszowi Mieczysławowi Gębarowiczowi.
W początkach 1944 r. z powodu zbliżającego się frontu władze niemieckie zarządziły ewakuację zbiorów ważnych dla kultury niemieckiej. Prace te przeprowadzane były pod kierownictwem Gębarowicza, który wykorzystał tę sytuację dla własnych planów ewakuacji zbiorów polskich.
W dwóch transportach znalazły się najcenniejsze kolekcje Ossolineum: ok. 2,3 tys. rękopisów, ok. 2,2 tys. dyplomów, ok. 1,8 tys. starych druków oraz ok. 2,3 tys. rysunków, kolekcja Baworowskich, a także monety i medale. W marcu i kwietniu 1944 r. zostały przewiezione do Krakowa, gdzie miały bezpiecznie przetrwać w piwnicach Biblioteki Jagiellońskiej, jednak w lipcu 1944 r. władze niemieckie postanowiły przewieźć je na teren Rzeszy. Transport został porzucony w miejscowości Zagrodno na Dolnym Śląsku, gdzie po zakończeniu działań wojennych odnaleźli go Polacy. W 1947 r. te zbiory trafiły do Wrocławia.
Część pozostałej we Lwowie kolekcji została latach 1946-1947 przekazana również do Wrocławia jako „dar narodu ukraińskiego dla narodu polskiego”. Ze Lwowa przysłano wówczas 217 tys. 450 woluminów, w tym 7 tys. rękopisów i ponad 41 tys. woluminów starych druków. Szacuje się, że ok. 60 proc. przedwojennego zasobu Ossolineum pozostało we Lwowie.
We Wrocławiu zbiory zostały umieszczone w siedemnastowiecznym budynku poklasztornym Zakonu Szpitalnego Kawalerów Krzyżowych z Czerwoną Gwiazdą. Gmach odremontowano i w 1947 r. uruchomiono czytelnię, udostępniając część zbiorów środowisku akademickiemu.
W 1953 r. Zakład Narodowy im. Ossolińskich został wcielony w struktury Polskiej Akademii Nauk i podzielony na dwie odrębne placówki: Zakład Narodowy im. Ossolińskich, Bibliotekę PAN oraz Wydawnictwo PAN. Ossolineum funkcjonowało w strukturach PAN do końca 1994 r.
5 stycznia 1995 r. Sejm uchwalił ustawę o fundacji Zakład Narodowy im. Ossolińskich. Z mocy ustawy patronat nad Zakładem objął Prezydent RP, a bezpośredni nadzór pełni Rada Kuratorów, składająca się z trzynastu osób. Dyrektorem Zakładu Narodowego im. Ossolińskich po jego restytucji został wybrany dr Adolf Juzwenko.
„Ossolineum splotło się z historią Polski. Jego zbiory to ogromnie ważna rzecz: pamiątki narodowe, historiografia która powstawała. Ale Ossolineum było pomyślane przez Ossolińskiego jak koło ratunkowe rzucone narodowi które miał pomóc w przetrwaniu okresu niewoli. Pomóc w niezatraceniu własnej świadomości narodowej i woli walki o niepodległość” - mówił dyrektor dr Adolf Juzwenko.
Zbiory Zakładu Narodowego to obecnie blisko 2 mln jednostek, z czego 1,7 mln stanowią zbiory biblioteczne. Stanowią je: druki XIX-XXI wieku – książki i czasopisma, rękopisy, dokumenty, stare druki, mapy i plany, dokumenty życia społecznego (druki ulotne, plakaty, afisze) oraz zbiory mikroformowe i zasoby cyfrowe.
„W trosce o zachowanie najcenniejszych zbiorów, szczególnie rękopisów i starych druków, od 2007 r. realizowanych jest wiele projektów wspierających konserwację i digitalizację zbiorów. Skanujemy także ossolińskie kolekcje, przechowywane i udostępniane w Lwowskiej Narodowej Naukowej Bibliotece im. Wasyla Stefanyka, które pozostały po wojnie na Ukrainie. Zbiór liczy już 5 milionów skanów” - wyjaśnił Mariusz Dworsatschek, wicedyrektor Zakładu, odpowiedzialny za Bibliotekę Ossolineum.