Nigdy też, aż do śmierci Mengele w Brazylii, w okolicach Sao Paulo, gdzie zmarł jako Wolfgang Gerhard, nie udało się go postawić przed żadnym trybunałem.
Niemiecki tygodnik "Die Zeit" opublikował omówienie akt izraelskiego wywiadu, Mossadu, dotyczących Mengele; stanowiły one przez lata tajny materiał, którego analizy dokonał obecnie izraelski dziennikarz Ronen Bergmann.
Bergmann doszedł do wniosku, że Mengele aż do śmierci musiał mieć wspólników, którzy pomagali mu się ukrywać. Miał też sporo szczęścia, ale zawiniły również wahania izraelskich tajnych służb, które w pewnym momencie - jak się wydaje - mogły go "zdjąć", ale nie uczyniły decydującego ruchu.
Akta "doktora śmierć", zwanego także "aniołem śmierci", dotyczą rodziny, w której przyszedł na świat, studiów, wstąpienia do partii nazistowskiej i metod, jakie stosował w Auschwitz, selekcjonując więźniów: kto nadaje się do pracy, a kto ma iść do gazu. Trzecią kategorię stanowili ci - chodziło zwłaszcza o bliźnięta - którzy mieli mu służyć do przeprowadzania okrutnych, pseudomedycznych eksperymentów.
Po wojnie zmienił nazwisko na Josef Mengling i pod tym nazwiskiem przez trzy lata przez nikogo nie niepokojony mieszkał w Europie, mimo że w toku procesu norymberskiego świadkowie zeznawali na temat sadystycznych eksperymentów medycznych przeprowadzanych przez hitlerowskiego lekarza.
Jak wynika z akt Mossadu, Mengele w 1948 roku poczuł się zagrożony i postanowił wyemigrować śladem tysięcy byłych nazistów do Ameryki Południowej.
Skorzystał z pomocy "Organizacji Odessa" stworzonej przez byłych oficerów, eks-nazistów mających kontakty w Czerwonym Krzyżu. Dostarczyła mu nowe dokumenty. Już jako Helmut Gregor dotarł 20 czerwca 1949 roku na pokładzie statku "North King" do Buenos Aires.
Jednakże w niemieckim konsulacie w stolicy Argentyny nie musiał najwidoczniej występować pod fałszywym nazwiskiem. Jak wynika z dokumentów, rozszedł się w 1956 roku ze swą pierwszą żoną i dwa lata później poślubił wdowę po bracie.
Bergmann pisze w swej analizie, że konsul zapytany o Mengele odparł, iż ma instrukcje z MSZ, aby nie wypowiadać się w tej sprawie.
W lutym 1959 roku prokuratura we Fryburgu (południowo-wschodnie Niemcy) wydała nakaz aresztowania Mengele i zażądała jego ekstradycji z Argentyny, z czego wynika, że wiedziała, gdzie się on znajduje. Ktoś jednak musiał Mengelego uprzedzić, ponieważ zdążył przenieść się z rodziną do Paragwaju i przyjął obywatelstwo tego kraju.
Właśnie w tym okresie Mossad ze znacznie większą energią przystąpił do ścigania nazistowskich zbrodniarzy i porwał w Argentynie Adolfa Eichmanna, organizatora machiny biurokratycznej Holokaustu, którego wywieziono do Izraela i skazano na śmierć, a wyrok wykonano.
Ta operacja Mossadu sprawiła, że Mengele znów poczuł się niepewnie, wyjechał z Paragwaju, a jego ślad urwał się na całe dwa lata. W 1961 roku niemiecki prokurator Fritz Bauer wytropił miejsce pobytu Mengele i skontaktował Izraelczyków z niemieckim dziennikarzem Paulem Limbachem, który zebrał informacje o rodzinie Mengele. Dowiedział się, że Martha Mengele, druga żona lekarza, wróciła do Europy i mieszkała niedaleko Zurychu; ten ślad jednak nie doprowadził do wykrycia miejsca pobytu "doktora śmierć".
W tym samym roku od innego dziennikarza, Wilhelma Sassena, który pracował dla pisma zbliżonego do kręgów nazistowskich, Mossad uzyskał informację, że Mengele mieszka w Brazylii, w Sao Paulo.
W stolicy brazylijskiego biznesu zamieszkanej przez wielu Niemców przebywał jeden z bliskich kolegów doktora Mengele, były pilot hitlerowskiej Luftwaffe, Hans-Ullrich Rudel, który pracował jako doradca kilku dyktatur wojskowych w Ameryce Łacińskiej.
Agenci izraelskiego wywiadu śledzili przez jakiś czas Rudela, dzięki czemu 23 lipca 1962 roku zobaczyli z bliska samego Mengele.
Mimo to, jak wynika z dokumentów Mossadu, nie zdecydowano się na jego uprowadzenie. Kierownictwo wywiadu izraelskiego, jak pisze "Die Zeit", uznało, że zachodzi potrzeba lepszego zaplanowania tej akcji, i nie dało zielonego światła do jej zrealizowania.
Pościg za "doktorem śmierć" przerwano na ponad dziesięć lat. Został wznowiony dopiero w 1977 r., gdy do władzy w Izraelu doszedł Menachem Begin, który uznał kontynuowanie ścigania dawnych nazistów za jeden z priorytetów Mossadu. Powiedział, z jeśli nie można postawić ich przed sądami, należy szukać sposobu ich zlikwidowania bez sądu.
W latach osiemdziesiątych ub. stulecia na nowo podjęto próby odkrycia, gdzie przebywa Mengele. Nie wiedziano, że hitlerowski zbrodniarz wojenny utonął w 1979 roku niedaleko Sao Paulo. Nazywał się wówczas Wolfgang Gerhard.