2 września 1948 r. zakończyło się plenum Komitetu Centralnego Polskiej Partii Robotniczej. Jego głównym bohaterem, a być może nawet powodem jego zwołania był Władysław Gomułka. Głos zabrał m.in. Bolesław Bierut. Zarzucił Gomułce wszystko, co było do zarzucenia. Działalność frakcyjną w łonie PPR, negatywny stosunek do ZSRS, opieszałość przy kolektywizacji, życzliwość wobec Jugosławii w jej konflikcie z Moskwą, a także nawiązywanie do tradycji PPS, czyli tzw. odchylenia prawicowo-nacjonalistyczne. Gomułka złożył stosowną samokrytykę, którą partia przyjęła z uznaniem, co jednak nie uchroniło go przed utratą stanowiska sekretarza generalnego PPR. 2 września 1948 r. ostatecznie zniknęła możliwość utrzymania w Polsce choćby namiastki niezależności od ZSRS.
Tak naprawdę ta data jest wyłącznie symboliczna. Gomułka zdawał sobie sprawę z sytuacji już znacznie wcześniej. Jeśli jeszcze we wrześniu 1947 r., podczas spotkania przywódców partii komunistycznych bloku wschodniego w Szklarskiej Porębie wypowiadając się krytycznie o pomyśle powołania ponadpartyjnego, międzynarodowego Biura informacyjnego (tzw. Kominformu), mógł się łudzić, że przemawia z pozycji siły, to dalsze wypadki z pewnością pozbawiły go złudzeń.
Już w kwietniu opracowano w Moskwie referat „O antymarksistowskiej orientacji w kierownictwie PPR”, obszernie ilustrowany fragmentami przemówienia m.in. Gomułki. Mówiło to wyraźnie i całkiem otwarcie, że przywódca PPR staje się dla Stalina niewygodny. Tym bardziej że jego teoria o „specyfice polskiej drogi do socjalizmu” nasuwała skojarzenia z postawą Josipa Broza Tito, który w tamtym właśnie momencie popadł w ostry konflikt z Moskwą i w znacznym stopniu uniezależnił od niej Jugosławię. Nie pomogły Gomułce z pewnością dość częste nawiązywania do tradycji PPS, która choć socjalistyczna, była zawsze z gruntu antyrosyjska i otwarcie niepodległościowa. KC PPR krytykowało go za podobne wypowiedzi już w czerwcu 1947 r.
Referat sam w sobie nie miał żadnej mocy prawnej, ale dla polskich komunistów stanowił jasny sygnał, że zmiany w ścisłym kierownictwie partii będą niezbędne. Prawdopodobnie było to bardzo na rękę Bierutowi. Jak zauważał prof. Andrzej Paczkowski:
„Podział zadań, między +bezpartyjnym+ prezydentem a faktycznym przywódcą PPR zaczynał doskwierać Bierutowi. Podział taki był ponadto niedogodny w okresie rozpoczynającej się centralizacji władzy, stał w sprzeczności ze wzorem radzieckim i zakłócał logikę systemu wodzowskiego. Gomułka, który był politykiem zarazem twardym i zdecydowanym, jak i pragmatycznym, i wielokroć występował przeciwko tendencjom sekciarskim, mógł mieć utrudnione pole manewru w sytuacji, gdy takie właśnie tendencje stawały się jednym z elementów generalnej linii”.
Kiedy 25 czerwca 1948 r. przybył do Polski sowiecki minister spraw zagranicznych Wiaczesław Mołotow, Bierut mógł zacierać ręce. Mołotow spotkał się z prezydentem, lecz także z innymi członkami Rady Państwa, Romanem Zambrowskim oraz Hilarym Mincem i najprawdopodobniej wtedy też zapadła decyzja o odsunięciu Gomułki od władzy. Teraz sprawy potoczyły się już szybko. Na początku lipca szef PPR został wysłany na sześciotygodniowy urlop do Kowar, pod jego nieobecność zwołano zaś posiedzenie KC PPR, na którym zapowiedziano zaostrzenie kursu wewnętrznego, pozytywnie zaopiniowano kwestię powołania Kominformu, zajęto stronę Moskwy w sporze z Jugosławią, a przy okazji potępiono linię Gomułki. W połowie lipca Bierut przedstawił Stalinowi plan zmian kadrowych w partii i uzyskał jego całkowitą akceptację. Nic już nie stało na przeszkodzie, by Gomułka został odsunięty. 14 sierpnia, podczas posiedzenia Biura Politycznego, zdecydowano o pozbawieniu go funkcji sekretarza generalnego.
Nie jest do końca jasne dlaczego, ale nie dokonano tego w stylu stalinowskim. Nikt nie mógłby powstrzymać władz np. przed aresztowaniem Gomułki, wywiezieniem do Moskwy lub jakąkolwiek inną formą represji. Sprawę tymczasem rozegrano wręcz bardzo subtelnie. Przede wszystkim rozmawiano z nim. Zachowały się źródła mówiące, że wielokrotnie – oficjalnie i w prywatnych rozmowach – usiłowano namówić go do zmiany stanowiska, podporządkowania się i uległości. Gomułka był wytrawnym graczem politycznym i dobrze wiedział, co to znaczy. Za każdym razem jednak odmawiał i uparcie trwał przy swoim. Kiedy na rozpoczętym 31 sierpnia 1948 r. kolejnym posiedzeniu KC PPR ostatecznie ustąpił – było już za późno. Po wygłoszeniu przez Bieruta referatu „O odchyleniu prawicowym i nacjonalistycznym w kierownictwie partii i sposobach jego przezwyciężania” tym razem formalnie pozbawiono Gomułkę funkcji.
Władysław Gomułka przestał być sekretarzem generalnym, 2 września nie zniknął jednak jeszcze z życia politycznego. Nie miał decydującego wpływu na losy kraju, wciąż mimo to pozostawał wicepremierem i ministrem Ziem Odzyskanych. Co więcej, na życzenie Stalina został delegatem na kongres zjednoczeniowy PPR i PPS 15–21 grudnia, i wygłosił tam nawet mowę – określaną przez historyków jako „dramatyczna” – w której bronił swoich poglądów i swojego imienia. Najciekawsze jest to ostatnie, ponieważ Stalin doskonale wiedział, co Gomułka powie z mównicy. Kilka dni wcześniej odbył z nim wielogodzinną rozmowę w towarzystwie Mołotowa i Ławrientija Berii, w której ten bronił swoich przekonań, bardzo dużo mówiąc o polskości i znaczeniu polskiej kultury. „Był to okres, w którym ten prawowierny komunista wykazał się odwagą cywilną i udowodnił, że jest nietuzinkową osobowością”– pisał prof. Andrzej Paczkowski.
Proces odsuwania na boczny tor został jednak rozpoczęty. Już w styczniu 1949 r. pozbawiono Gomułkę wszystkich funkcji rządowych, ale wręczono mu nominację na wiceprezesa Najwyższej Izby Kontroli. Bez poważniejszych wstrząsów sprawował tę funkcję do listopada. Kiedy wydawało się, że na tym perturbacje się zakończą, na III plenum KC PZPR Bierut oskarżył go o zdradę przez wprowadzenie podczas wojny do PPR „sanacyjnych agentów”. To wystarczyło, by pozbawić go i tego stanowiska, proponując w zamian posadę dyrektora Ubezpieczalni Społecznej. Tę funkcję sprawował Gomułka zaledwie przez półtora roku – 2 sierpnia 1951 r. został wraz z żoną aresztowany w trakcie urlopu i osadzony w więzieniu bezpieki w podwarszawskim Miedzeszynie.
Niezależnie od oceny jego działalności trzeba przyznać, że był konsekwentny w swoich poglądach. W śledztwie stawiano mu mniej więcej te same zarzuty, które wyraził wcześniej Bierut, ale bezskutecznie – nie przyznał się do winy ani nie wycofał z przekonań. Władze nie były w stanie wytoczyć mu pokazowego procesu, być może przeczuwając, że już sam fakt aresztowania niepokornego działacza w oczach społeczeństwa uczynił z niego bohatera. Komunistę, ale takiego, który postawił się Moskwie – to u Polaków zawsze było dobrze widziane.
Czas pokazał, że tak było. Pod koniec września 1954 r., po ucieczce wicedyrektora Departamentu X Bezpieki Józefa Światły do USA i ujawnieniu przez niego kulis działań polskich komunistów i upublicznieniu tych zeznań na falach Radia Wolna Europa, w szeregach PZPR nastąpiło tąpnięcie. Na fali zmian zdecydowano się najpierw Gomułkę uwolnić (13 grudnia 1954), a następnie całkowicie rehabilitować (6 kwietnia 1956), wreszcie powierzyć mu funkcję I sekretarza KC PZPR (21 października 1956). Zwłaszcza po tragicznych wydarzeniach czerwca tamtego roku, kiedy podczas starć z milicją w Poznaniu zginęło ponad siedemdziesięciu cywilów, powrót Gomułki do władzy stał się symbolem zmian, nadzieją na liberalizację i demokratyzację, zaś on sam – niemal bohaterem narodowym. Dosłownie w przeddzień wyboru na I sekretarza to on osobiście przekonał w Belwederze Nikitę Chruszczowa, by wstrzymał marsz wojsk sowieckich na Warszawę.
„Gomułka przez wiele godzin przekonywał stronę radziecką, że Polska pozostanie w sojuszu z ZSRS, a proces zmian nie wymknie się spod kontroli partii komunistycznej. Jego argumenty okazały się dostatecznie przekonywające, aby Chruszczow wydał polecenie przerwania marszu wojsk na Warszawę. Zatrzymały się w odległości około stu pięćdziesięciu kilometrów od stolicy, docierając do linii Włocławek–Łęczyca” – pisał prof. Antoni Dudek.
Ironią historii jest fakt, że dwanaście lat później ten sam Gomułka był głównym orędownikiem interwencji sowieckiej, która złamała Praską Wiosnę w Czechosłowacji.