Zawiadomienie złożył w Prokuraturze Okręgowej w Gdańsku obecny dyrektor placówki Karol Nawrocki (zastąpił on Machcewicza na tym stanowisku w kwietniu, po połączeniu MIIWŚ z Muzeum Westerplatte). Zdaniem Nawrockiego działaniem na szkodę placówki było rozwiązanie w kwietniu br. przez b. dyrektora zwartej w 2009 r. z miastem Gdańsk (jest ono właścicielem dużej części gruntów na Westerplatte) umowy o współpracy przy realizacji „wszelkich przedsięwzięć o charakterze historycznym, muzealnym i patriotycznym związanych z obroną Westerplatte lub realizowanych na polu bitwy Westerplatte".
W poniedziałek zeznania w tej sprawie składał w gdańskiej prokuraturze okręgowej Machcewicz. Po wyjściu z przesłuchania powiedział dziennikarzom, że uważa sprawę za „całkowite nieporozumienie”. „Rozwiązanie tej umowy nie doprowadziło do żadnych szkód. Umowa miała charakter ramowy, to był swojego rodzaju list intencyjny. Wszelkie działania podejmowane przez Muzeum II Wojny Światowej na terenie Westerplatte były regulowane innymi, szczegółowymi umowami” – zaznaczył Machcewicz, dodając, że na podstawie odrębnej umowy powstała np. na Westerplatte wystawa plenerowa, którą MIIWŚ otworzyło w 2009 r.
Machcewicz zaznaczył, że nawet w samej ramowej umowie, którą w kwietniu rozwiązano, znajdował się zapis mówiący, iż rozwiązanie porozumienia nie ma wpływu na żadne inne odrębne umowy dotyczące konkretnych działań na Westerplatte.
B. dyrektor dodał, że z inicjatywą rozwiązania umowy wystąpiło miasto, a on – jako dyrektor MIIWŚ - przystał na to, bo „umowa ta była i tak martwa, niedostosowana do istniejącej sytuacji, która zmieniła się diametralnie poprzez powołanie w grudniu 2015 roku Muzeum Westerplatte”. Wyjaśnił, że – po powołaniu przez resort kultury Muzeum Westerplatte, minister kultury przekazał mu dyspozycję, iż „wiodącą rolę na Westerplatte ma teraz pełnić Muzeum Westerplatte, a nie Muzeum II Wojny Światowej”.
„A więc i tak należało przygotować zupełnie nową umowę uwzględniającą istnienie zupełnie nowego podmiotu” – dodał Machcewicz. Podkreślił, że w kwietniu br. muzeum, którego był dyrektorem, „zostało zlikwidowane”, a „na jego miejsce powołano nową instytucję kultury, której dyrektorem jest Karol Nawrocki”. „Nic nie stało na przeszkodzie, żeby przez te 8 miesiące sprawowania swojej funkcji pan doktor Nawrocki rozpoczął współpracę z miastem, rozpoczął rozmowy na temat nowej umowy, być może lepszej niż ta, którą ja podpisałem” – powiedział też Machcewicz.
Dodał, że „o ile mu wiadomo, żadne takie próby ze strony pana Nawrockiego nie miały miejsca” „Więc jest to dla mnie zaskakująca sytuacja. Może lepiej, by - zamiast składać zawiadomienie do prokuratury o popełnieniu przeze mnie przestępstwa - pan Nawrocki wykonywał swoje obowiązki i rozpoczął współpracę z miastem dotyczącą Westerplatte i wszystkich innych ważnych dla muzeum spraw” – dodał Machcewicz.
Podkreślił też, że „jest trochę zaskoczony, że w ogóle wszczęto śledztwo w tej sprawie”. „Nie ma żadnych przesłanek, który by wskazywały na to, że muzeum poniosło jakąkolwiek szkodę i że doszło do jakichś strat” – powiedział dziennikarzom Machcewicz dodając, że „jest do dyspozycji prokuratury”, a w trakcie poniedziałkowego przesłuchania odpowiedział na wszystkie pytania prokuratora. „Pojawiłem się w pierwszym możliwym terminie” – zaznaczył.
Prokuratura planowała przesłuchać Machcewicza już w listopadzie: na jego adres domowy wysłano dwa wezwania. Oba nie zostały podjęte i w końcu listopada w warszawskim domu b. dyrektora placówki pojawili się agenci CBA z pytaniem o jego miejsce pobytu. Sam Machcewicz informował media, że od połowy września przebywa za granicą - w Berlinie, na stypendium naukowym. Miał też pretensje do agentów, że nachodzili członków jego rodziny. CBA wydało oświadczenie, w którym poinformowało, że wizyta w domu Machcewicza odbyła się na polecenie prokuratury i były to "standardowe, codzienne działania”.
Obecna dyrekcja MIIWŚ argumentowała zawiadomienie złożone w prokuraturze faktem, iż "brak formalnego porozumienia pomiędzy muzeum a miastem ogranicza, a miejscami wręcz uniemożliwia podejmowanie przez muzeum działań dotyczących zagospodarowania miejsca tak ważnego dla polskiej historii, jakim jest pole bitwy na Westerplatte”. Przedstawiciele placówki dodawali, że brak umowy „powoduje także liczne inne utrudnienia we współpracy pomiędzy Muzeum a miastem".
W połowie listopada prokuratura przesłuchiwała w tej sprawie prezydenta Gdańska Pawła Adamowicz. Po przesłuchaniu powiedział on, że rozwiązana umowa „miała charakter ramowy, intencjonalny". "Ta umowa nie niosła za sobą żadnych skutków ani prawnych, ani finansowych. Ta umowa też nie obiecywała Muzeum II Wojny Światowej przekazywania żadnych gruntów w użyczenie czy dzierżawę. Natomiast, niezależnie od tej umowy miasto Gdańsk użyczało i nie wyklucza użyczać gruntów na cele ekspozycji plenerowych na terenie Westerplatte. Przypomnę, że miasto Gdańsk jest właścicielem większości gruntów w historycznej części Westerplatte" - wyjaśniał Adamowicz.
Idea utworzenia w Gdańsku MIIWŚ narodziła się na przełomie 2007 i 2008 r., jako rządowy projekt rządzącej wówczas Platformy Obywatelskiej. Budowę siedziby placówki ukończono w 2016 r. i w marcu br. placówka została otwarta. W kwietniu, na skutek decyzji podjętych przez ministerstwo kultury, dotychczasowe szefostwo MIIWŚ zastąpił nowy zespół z Karolem Nawrockim jako dyrektorem. W skład MIIWŚ, jako oddział tej placówki weszło też wówczas Muzeum Westerplatte i Wojny 1939 powołane pod koniec 2015 r. Gdański samorząd wielokrotnie krytykował decyzje dotyczące zmian organizacyjnych i personalnych, jakie resort kultury w rządzie PiS wprowadził w MIIWŚ.