21 września 1942 r. Niemcy zakończyli wielką akcję likwidacyjną w warszawskim getcie. W czasie jej trwania ponad 250 tys. Żydów wywieziono do obozu zagłady w Treblince; 11 tys. skierowano do obozów pracy, na miejscu rozstrzelano ok. 6 tys. W getcie pozostało ok. 60 tys. osób, z czego blisko połowa nielegalnie.
Warszawskie getto było największym spośród założonych przez Niemców. Według spisu dokonanego na rozkaz władz niemieckich przez Judenrat w październiku 1939 r. w Warszawie przebywało ok. 360 tys. Żydów.
Ich liczba zwiększyła się po zarządzeniu wydanym 30 października 1939 r. przez Heinricha Himmlera, które nakazywało przesiedlenie ludności polskiej i żydowskiej do Generalnego Gubernatorstwa z ziem włączonych do Rzeszy. W jego wyniku od listopada 1939 r. do października 1940 r. do Warszawy przybyło ok. 90 tys. Żydów.
Mimo że liczba mieszkańców getta na skutek wysokiej śmiertelności i ucieczek pozornie malała, to kolejne migracje wciąż zagęszczały getto, którego terytorium kurczyło się. Od stycznia do marca 1941 r. przybyło do niego ok. 50 tys. Żydów z zachodniej części dystryktu warszawskiego. Wtedy też liczba mieszkańców getta osiągnęła maksimum i wynosiła ok. 460 tys.
Żydzi przebywający w getcie żyli w strasznych warunkach. Marek Stok tak opisywał warszawskie getto w zimie 1941 r.: "Tysiące nędzarzy, żebraków stale biwakuje na ulicy. To nie są ludzie - jakieś straszliwe mary. Upiorne postacie w brudnych łachmanach, szmatach, wychudzone twarze o rozgorączkowanych oczach i spuchniętych z głodu nogach. Są wszędzie. Na podwórkach, na chodnikach, pod murami i na jezdniach, zawodzą, krzyczą proszą o jałmużnę. (...) Nie można przejść dłuższego odcinka ulicami, by nie spotkać trupów ludzkich. Leży trup w łachmanach na chodniku, a ludzie spiesznie, starając się nie patrzeć, przechodzą obok, aż jakaś litościwa dusza przykryje go gazetami. Trupy mężczyzn, kobiet, dzieci. Na wszystkich ulicach".
Wielka akcja likwidacji warszawskiego getta rozpoczęła się 22 lipca 1942 r. Była ona częścią operacji o kryptonimie "Reinhard", która, zgodnie z wcześniejszymi ustaleniami RSHA (Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy), zakładała fizyczną likwidację Żydów.
Przeprowadzały ją dwie grupy. Pierwszą z nich był sztab specjalnej jednostki dowodzony przez SS, przybyłej do Warszawy z Lublina i mającej już za sobą doświadczenia w akcjach wysiedleńczych na Lubelszczyźnie. Dowodził nią SS-Sturmbanfuehrer Hermann Hoefle.
Druga składała się z warszawskich esesmanów i gestapowców. Wyróżniali się wśród nich decydujący o przebiegu akcji SS-Untersturmfuehrer Karl Brandt i SS-Oberscharfuehrer Gerhard Mende - pracownicy Urzędu Policji Bezpieczeństwa i Służby Bezpieczeństwa.
Dzień przed rozpoczęciem akcji Niemcy aresztowali około 60 zakładników, m.in. część Rady Żydowskiej. Zatrzymani mieli być rozstrzelani w przypadku niepodporządkowania się ludności getta niemieckim zarządzeniom.
22 lipca 1942 r. na ulicach getta pojawiły się obwieszczenia podpisane przez Radę Żydowską, informujące o decyzji władz niemieckich, dotyczącej przesiedlenia na Wschód wszystkich Żydów zamieszkałych w Warszawie, bez względu na wiek i płeć. Wyłączeni z przesiedleń mieli być zatrudnieni przez władze niemieckie oraz niemieckie przedsiębiorstwa, członkowie i pracownicy Rady Żydowskiej, funkcjonariusze Żydowskiej Służby Porządkowej, personel żydowskich szpitali i wszyscy Żydzi będący członkami najbliższych rodzin (żony, dzieci) wyżej wymienionych. Punkt 3 powyższego obwieszczenia stwierdzał: "Każdy przesiedleniec Żyd ma prawo zabrać ze swojej własności 15 kg jako bagaż podróżny. Bagaż o wadze powyżej 15 kg będzie skonfiskowany. Wszystkie przedmioty wartościowe, jak pieniądze, biżuteria, złoto itd. mogą być zabrane. Należy zabrać żywność na 3 dni".
Pierwszego dnia akcji wywieziono 6250 osób.
23 lipca Adam Czerniaków, przewodniczący Rady Żydowskiej, nie zgodził się na podpisanie szczegółowego zarządzenia o deportacji, przewidującego dzienne limity osób doprowadzanych na Umschlagplatz, w tym również dzieci. Wieczorem tego samego dnia popełnił samobójstwo. W liście pozostawionym do żony Czerniaków pisał: "Żądają ode mnie bym własnymi rękami zabijał dzieci mego narodu. Nie pozostaje mi nic innego, jak umrzeć".
Reakcją przedstawicieli ruchów młodzieżowych na likwidację getta było powołanie 28 lipca 1942 r. Żydowskiej Organizacji Bojowej. Brak broni uniemożliwiał wówczas stawienie zbrojnego oporu. Pod koniec sierpnia organizacja przeprowadziła nieudany zamach na komendanta Służby Porządkowej Józefa Szeryńskiego, który w jego wyniku został ranny. Dwa miesiące później, kolejna akcja zakończyła się powodzeniem. Zlikwidowano jego zastępcę Jakuba Lejkina.
Sytuacja panująca w getcie wywoływała dezorientację wśród ludności żydowskiej. Większość Żydów nie chciała wierzyć, że możliwy jest najgorszy scenariusz, czyli wymordowanie całej społeczności getta. Przypuszczano, że dojdzie do deportacji, która obejmie "nieproduktywną" część jego mieszkańców, natomiast zdolni do pracy będą mieli szansę przeżycia. Byli i tacy, którzy dobrowolnie zgłaszali się na Umschlagplatz. Marek Edelman tak opisuje tę sytuację: "Niemcy, nie przebierając w środkach, stosują nowy chwyt propagandowy. Przyrzekają i dają każdemu ochotniczo zgłaszającemu się do wyjazdu 3 kg chleba i 1 kg marmolady. To wystarcza. Dalej już propaganda i głód robią swoje. Pierwsza daje do ręki niezbity argument przeciwko wszelkim +bajkom+ o komorach gazowych (+bo po cóż by dawali chleb, gdyby chcieli mordować+), głód - jeszcze mocniejszy przesłania wszystko obrazem trzech brązowych, wypieczonych bochenków".
5 sierpnia Janusz Korczak i jego wieloletnia współpracowniczka Stefania Wilczyńska ze swoimi wychowankami z Domu Sierot doprowadzeni zostali na Umschlagplatz. Naoczny świadek tej sceny Nachum Remba pisał: "Na czele pochodu szedł Korczak. Nie! Tego obrazu nigdy nie zapomnę. To nie był marsz do wagonów, to był zorganizowany, niemy protest przeciwko bandytyzmowi! (...) Były to pierwsze żydowskie szeregi, które szły na śmierć z godnością, ciskając barbarzyńcom spojrzenia pełne pogardy (...) Gdy Niemcy zobaczyli Korczaka, pytali: +Kim jest ten człowiek?+". W ślad za nimi poszły dzieci z innych sierocińców i domów opieki, razem z opiekunami i wychowawcami.
Wywózki trwały przez cały sierpień do pierwszych dni września. "Pętla dookoła getta zaciska się coraz bardziej - wspominał Marek Edelman. (...) Ludzie z plecakami uciekają z ulicy na ulicę, starają się ominąć przewidywany teren blokady. Zgodnie biorą w niej udział żandarmi, Ukraińcy i żydowska policja. Role są podzielone, składnie, porządnie: żandarmi otaczają ulice. Ukraińcy przed nimi ciasnym łańcuchem oplatają domy, policja żydowska wchodzi na podwórze i zwołuje wszystkich mieszkańców, - +Wszyscy Żydzi schodzą na dół, 15 kg bagażu. Kto nie zejdzie będzie rozstrzelany+ (...) Po kolei ze wszystkich klatek zbiegają ludzie. Nerwowo w biegu narzucają na siebie co się da. Niektórzy idą tak, jak stali, czasem prosto z łóżek, inni mają na sobie wszystko co możliwe, plecaki, tłumoki, garnki. Idąc rzucają trwożne spojrzenia wokoło. Stało się".
Osoby chore i w podeszłym wieku najczęściej zabijano na miejscu, ci, którzy posiadali "dobre" dokumenty przez jakiś czas mogli pozostać jeszcze w getcie. Pozostałą ludność prowadzono na Umschlagplatz. Tam w wielkim tłoku, często godzinami, Żydzi czekali na wagony, którymi wywożono ich do obozu zagłady w Treblince.
Świadek tych tragicznych scen pisał: "Wagony bydlęce nie miały stopni. Wyznaczeni przez Lejkina policjanci po dwóch na każdy wagon otrzymali rozkaz liczenia ludzi, po sto osób na wagon. W ciągu niecałej godziny przy akompaniamencie krzyku bitych (...), lamentu matek, które pogubiły swe dzieci, załadowano sześćdziesiąt wagonów. (...) Przez małe, zakratowane drutem okienka przedostał się ostatni krzyk rozpaczy ciasno stłoczonych ludzi".
Akcję likwidacyjną przeprowadzały obok SS, jednostki pomocnicze złożone z Litwinów, Ukraińców i Łotyszy.
Ważną rolę w akcji odegrała Żydowska Służba Porządkowa, która jako bezpośredni wykonawca niemieckich poleceń stała się obiektem powszechnej nienawiści w getcie. W sierpniu 1942 r. jej funkcjonariusze otrzymali rozkaz, ażeby każdy z nich doprowadzał na Umschlagplatz pięć osób dziennie. Za niewykonanie rozkazu groziło rozstrzelanie lub wysiedlenie z getta wraz z rodziną. Pod koniec akcji, we wrześniu 1942 r., liczba funkcjonariuszy Żydowskiej Służby Porządkowej zredukowana została przez Niemców z 2400 do 380 osób. Ostatecznie większość żydowskich policjantów podzieliła los pozostałych mieszkańców getta.
21 września 1942 r. z Umschlagplatzu odszedł ostatni transport do obozu zagłady w Treblince.
Trzy dni później SS-Untersturmfuehrer Karl Brandt poinformował Radę Żydowską, że akcja likwidacyjna w getcie warszawskim dobiegła końca.
W czasie akcji likwidacji warszawskiego getta ok. 254 tys. Żydów wywieziono do obozu zagłady w Treblince, ponad 11 tys. do bliżej nieokreślonych obozów pracy, a ponad 10 tys. zmarło lub zostało zastrzelonych w getcie. Podczas trwania deportacji około 8 tys. Żydów uciekło na tzw. aryjską stronę.
W getcie legalnie pozostało 35 tys. osób, a ok. 25 tys. żyło w ukryciu.
Dowodzący Wielką Akcją likwidacji warszawskiego getta SS-Sturmbanfuehrer Hermann Hoefle przeżył wojnę i przez wiele lat żyjąc w Austrii pozostawał bezkarny. Dopiero proces Adolfa Eichmanna jasno ukazał jego zbrodnie. Aresztowany w 1961 r. początkowo przebywał w więzieniu w rodzinnym Salzburgu.
Szymon Wiesenthal, zaangażowany w proces Hoeflego, pisał, iż jego stanowisko wobec zarzutów dawało się streścić następująco: "+Akcja ewakuacyjna, przynajmniej kiedy ja nią dowodziłem, przebiegała całkowicie bez zakłóceń i w sposób humanitarny. Nie spostrzegłem żadnego okrucieństwa lub morderstwa popełnionego na ewakuowanej ludności żydowskiej. Nie tylko ja sam nie popełniłem żadnego okrucieństwa, lecz nie słyszałem również o żadnych okrucieństwach lub zabójstwach ze strony innych członków SS+. (...) Nie wiedział również, że +ewakuowaną ludność żydowską czekała śmierć w obozie zagłady+. Nigdy tych obozów zagłady nie widział. (...) O zagazowywaniu i rozstrzeliwaniach dowiedział się Hoefle, szef sztabu akcji +Reinhard+, dopiero z gazet po wojnie".
SS-Sturmbanfuehrer Hermann Hoefle, człowiek o którym Wiesenthal pisał, że "w hierarchii narodowosocjalistycznego syndykatu zbrodni można go postawić na równi z Globocnikiem (dowódcą akcji "Reinhard"), tuż za Adolfem Eichmannem, po przewiezieniu go do Wiednia 20 sierpnia 1962 r. powiesił się w swojej celi.