Adam Pomorski uważa, że Nowakowski to jeden z najwybitniejszych polskich autorów w XX wieku. Ma trwałe miejsce w historii polskiej prozy i literatury. "Jego droga literacka jest charakterystyczna dla pisarzy, którzy wypłynęli w 1956 roku na fali odwilży" - wspomina Pomorski.
Prezes PEN Clubu przypomina, że Marek Nowakowski miał bardzo wyraziste poglądy i nigdy ich specjalnie nie ukrywał. "Nie bał się być stronniczy i nie jest to ani komplement, ani uwaga krytyczna" - zastrzega Pomorski. Nie krył się ze swoimi sądami oraz sympatiami i antypatiami i takiego go zapamiętajmy.
Pisarz i publicysta Marcin Wolski wspomina Marka Nowakowskiego jako mistrza słowa, wymagającego krytyka i jedną z ostatnich postaci, o której nie waha się mówić - "autorytet". Marcin Wolski przypomniał również o związku Nowakowskiego z Polskim Radiem i jego współpracy podczas audycji "Kwadrat", która podejmowała problemy polskiej kultury i literatury.
Marek Nowakowski wydał między innymi zbiory opowiadań "Ten stary złodziej", "Benek Kwiaciarz", "Silna gorączka", "Zapis", "Mizerykordia", "Książę Nocy". Jest również autorem "Raportu o stanie wojennym", w latach 90. opublikował kilka książek satyrycznych, między innymi "Homo Polonicus" oraz "Grecki bożek". W ostatnich latach ukazały się dwie jego książki "Nekropolis" oraz "Syjoniści do Syjamu".
W drugiej połowie lat 70. Nowakowski był w gronie osób protestujących przeciwko zmianom w konstytucji PRL. W tym okresie był współzałożycielem podziemnego pisma literackiego "Zapis". Był też członkiem Stowarzyszenia Pisarzy Polskich.
W 2006 roku Nowakowski został odznaczony przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.