Urodziła się 19 marca 1909 r. w Toruniu, studiowała matematykę na Uniwersytecie Poznańskim, a po ukończeniu studiów pracowała jako nauczycielka. Po ukończeniu studiów poświęciła się pracy pedagogicznej w szkołach, jednocześnie działając na rzecz Przysposobienia Wojskowego Kobiet, którego była komendantką Regionu Śląskiego.
Wzięła udział w kampanii polskiej 1939 r. w szeregach Kobiecego Batalionu Pomocniczej Służby Kobiet, a następnie w zalążkach konspiracji na Śląsku. Początkowo w Służbie Zwycięstwu Polski, następnie Związku Walki Zbrojnej, i wreszcie Armii Krajowej. Do końca 1940 r. kierowała łącznością Okręgu Śląskiego ZWZ, by wkrótce trafić do służby kurierskiej w Warszawie.
Znana w konspiracji pod pseudonimem "Zo" przeszło sto razy nielegalnie przekraczała granice przenosząc na Zachód wiadomości i meldunki. Szkoliła też innych kurierów.
Jej najsłynniejszy rajd wiódł poprzez Niemcy, Austrię, Francję i Hiszpanię do Anglii. Po wielotygodniowej podróży przez Niemcy, Francję, Andorrę, Hiszpanię, Gibraltar i Bristol, Zawacka dotarła do Londynu 1 maja 1943 roku i zdała relację gen. Władysławowi Sikorskiemu z sytuacji w okupowanym kraju. Podczas swej misji przez okupowaną Europę do rządu w Londynie używała pseudonimu Elizabeth Watson.
Kurierka mogła zostać w Londynie, lecz wróciła do Polski, skacząc ze spadochronem w nocy z 9 na 10 września 1943 r. Natychmiast włączyła się do pracy konspiracyjnej, kierując w ośrodku "Zagroda", Dziale Łączności Zagranicznej Oddziału V Sztabu Komendy Głównej Armii Krajowej, zespołem kurierów do Szwecji, Francji i Szwajcarii.
"Zo" była jedyną kobietą - "cichociemną".
Konspiracyjną działalność prowadziła również po upadku Powstania Warszawskiego. Z Krakowa kierowała szlakami zachodnimi, prowadzącymi do bazy w Szwajcarii.
Po zakończeniu wojny włączyła się w struktury konspiracji antykomunistycznej w ramach organizacji Wolność i Niezawisłość. Powróciła także do pracy pedagogicznej - ukończyła studium pedagogiki społecznej i rozpoczęła pracę doktorską.
W 1951 roku została aresztowana przez Urząd Bezpieczeństwa. Więziona do 1955 r. Od 1956 r. powróciła do pracy naukowej i pedagogicznej. W 1965 r. uzyskała doktorat, a w 1972 r. habilitację i wróciła do rodzinnego Torunia, gdzie podjęła pracę na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Instytucie Pedagogiki i Psychologii.
Elżbieta Zawacka gromadziła materiały do dziejów Armii Krajowej, działała w środowisku kombatantów AK. Na skutek represji SB, w wyniku których m.in. zlikwidowano kierowany przez nią Zakład Andragogiki, odeszła przedwcześnie z pracy na uniwersytecie.
Jej dziełem jest powołanie w 1990 r. do życia Fundacji Archiwum i Muzeum Pomorskie Armii Krajowej i Wojskowej Służby Kobiet w Toruniu. Fundacja nie tylko gromadzi dokumenty i relacje, ale także organizuje konferencje, zjazdy naukowe i wydaje liczne publikacje dokumentujące udział Pomorza w walce o niepodległość.
W grudniu 1995 r. Elżbieta Zawacka została odznaczona Orderem Orła Białego. Jest także odznaczona Krzyżem Orderu Virtuti Militari i pięciokrotnie Krzyżem Walecznych. Mieszkańcy rodzinnego Torunia 17 grudnia 1992 roku nadali jej tytuł Honorowej Obywatelki.
13 czerwca 2006 r. w toruńskim Ratuszu Staromiejskim odebrała akt nadania przez Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego stopnia generała brygady WP. Gen. Elżbieta Zawacka była drugą - po Marii Wittek - kobietą w polskiej armii ze stopniem generała.
Zmarła 10 stycznia 2009 r. w Toruniu.