Podczas okupacji niemieckiej od lipca do października 1941 r. w wydawanej przez Niemców polskojęzycznej gazecie zamieścił kilka antysowieckich tekstów. Być może właśnie one ściągnęły na Mackiewicza wyrok śmierci Sądu Specjalnego Armii Krajowej w Wilnie. Nie wykonano go, a potem formalnie odwołano. Spekuluje się jednak, że bardziej prawdopodobną przyczyną mógł być wyjazd Mackiewicza do Katynia. Pojechał tam w maju 1943 r. na zaproszenie Niemców i za zgodą wileńskiej AK, by być świadkiem ekshumacji grobów polskich żołnierzy. Po powrocie zarówno w raportach dla AK, jak i w wywiadzie dla „Gońca Codziennego” – uznawanego za gadzinówkę – jednoznacznie stwierdził, że zbrodni dokonali bolszewicy. W 1952 r. powtórzył te słowa przed specjalną komisją Kongresu USA, a potem w książce „Zbrodnia katyńska w świetle dokumentów”.

W prasie emigracyjnej publikował wspomnieniowe reportaże z czasów wojny, m.in. „Ponary-Baza” o zagładzie Żydów oraz „Dymy nad Katyniem”. Czesław Miłosz w „Roku myśliwego” pisał o tych tekstach: „Dopóki będzie istnieć polskie piśmiennictwo, te dwa zapisy grozy dwudziestego wieku powinny być stale przypominane”.

Zobacz, kto jeszcze znalazł się na naszej liście: