„Obok Wincentego Witosa był Rataj pierwszoplanową postacią ruchu ludowego, niekwestionowanym przywódcą, wspaniałym mówcą, publicystą o ciętym piórze i szerokich horyzontach […] Wywarł wielki wpływ na myśl polityczną ruchu ludowego, na demokratyczną opozycję parlamentarną po przewrocie majowym i na postawy polityczne chłopów w latach trzydziestych” – pisał jego biograf, Arkadiusz Kołodziejczyk.
Swoją długą drogę polityczną Maciej Rataj rozpoczynał jeszcze przed wybuchem I wojny światowej. Mimo pochodzenia z bardzo skromnej rodziny chłopskiej, posiadającej zaledwie dwuhektarowe gospodarstwo, udało mu się ukończyć studia filologiczne na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Lwowskiego. To wówczas zaangażował się w działalność PSL. Od 1914 był członkiem PSL „Piast”, a od 1918 r. PSL „Wyzwolenie”.
W styczniu 1919 r. został wybrany na posła do Sejmu Ustawodawczego z listy PSL „Wyzwolenie”. W okresie wojny polsko-sowieckiej 1 lipca 1920 r. został członkiem Rady Obrony Państwa. 24 lipca 1920 r. objął stanowisko ministra wyznań religijnych i oświecenia publicznego w koalicyjnym Rządzie Obrony Narodowej pod prezesurą Wincentego Witosa. Zajmował się unifikacją organizacji szkolnictwa, podnoszeniem kwalifikacji nauczycieli. W wyborach parlamentarnych w listopadzie 1922 uzyskał mandat poselski z listy PSL „Piast”. 1 grudnia 1922 r. dzięki wsparciu partii centrowych i prawicowych wybrany został na marszałka Sejmu. Był nim do roku 1928.
Po zabójstwie prezydenta Gabriela Narutowicza 16 grudnia 1922 r. jako marszałek Sejmu przejął obowiązki głowy państwa i pełnił je do chwili wyboru Stanisława Wojciechowskiego na prezydenta 20 grudnia. Był jednym z twórców porozumienia między PSL „Piast”, Związkiem Ludowo-Narodowym a Chrześcijańską Demokracją, dzięki któremu 28 maja 1923 r. powstał drugi rząd Witosa. W czasie zamachu stanu, którego dokonał Józef Piłsudski, 14 maja 1926 r. Stanisław Wojciechowski, który zrezygnował z urzędu, przekazał Maciejowi Ratajowi uprawnienia głowy państwa.
Obowiązki te Rataj pełnił do 4 czerwca, kiedy to władzę przejął od niego Ignacy Mościcki wybrany na prezydenta. Po zamachu majowym, wobec coraz częstszych ataków Piłsudskiego na parlament, starał się bronić, jako marszałek Sejmu, jego niezależności. W latach 1928–1930 przeszedł na pozycje zdecydowanie opozycyjne wobec rządów sanacji. Reprezentując PSL „Piast”, brał udział w tworzeniu Centrolewu. Jednak w przeciwieństwie do Witosa, który dopuszczał działania opozycyjne z użyciem siły, Rataj uznawał tylko legalne środki walki politycznej. Po aresztowaniu we wrześniu 1930 r. Wincentego Witosa przejął kierownictwo PSL „Piast”.
W pierwszej połowie lat trzydziestych jednoczył podzielony ruch ludowy. W tym czasie został redaktorem „Zielonego Sztandaru”, organu prasowego Stronnictwa Ludowego. Funkcję tę pełnił do września 1939 r. Był przeciwnikiem współpracy stronnictwa z opozycyjnym Frontem Morges, endecją i komunistami. Dopuszczał natomiast współpracę z PPS.
W 1937 r. był przeciwnikiem organizacji powszechnego strajku chłopskiego, sceptycznie oceniając jego szansę na sukces, i w obawie przed rozlewem krwi, do którego w istocie doszło. 17 maja 1939 r., po powrocie do kraju Witosa, przekazał mu kierownictwo Stronnictwa Ludowego.
1 września 1939 r. był w grupie polityków, która zamierzała przedstawić prezydentowi Ignacemu Mościckiemu propozycję powstania rządu jedności narodowej. Dwa dni później gen. Władysław Sikorski zaproponował Ratajowi ewakuację do Lwowa i objęcie w przyszłości funkcji premiera. Polityk PSL odrzucił ten pomysł i pozostał w kraju. Zaangażował się w powstanie Głównej Rady Politycznej przy Służbie Zwycięstwu Polski. Jednocześnie dążył do rozwinięcia pracy konspiracyjnej przez SL. Był zwolennikiem poparcia ruchu ludowego dla tworzących się struktur Polskiego Państwa Podziemnego.
W listopadzie 1939 po raz pierwszy został aresztowany przez Niemców; w lutym 1940 r. zwolniony. Przeniósł się do Otwocka, wkrótce powrócił jednak do Warszawy i w marcu 1940 r. za zgodą Wincentego Witosa zorganizował Centralne Kierownictwo Ruchu Ludowego, nad którym przejął zwierzchnictwo. Odrzucał propozycje ewakuacji do Francji składane przez jego współpracowników. „Heroiczna walka o byt narodu toczy się tutaj w kraju” – powiedział. Wiosną 1940 r. w obliczu wciąż nierozstrzygniętej sytuacji na froncie zachodnim Niemcy wciąż brali pod uwagę stworzenie marionetkowego rządu polskiego w Generalnym Gubernatorstwie. Jego podstawą polityczną miał być ruch ludowy. Rataj odrzucił składane przez okupantów propozycje objęcia stanowiska premiera. 30 marca 1940 r. w drodze na spotkanie z komendantem ZWZ gen. Stefanem Roweckim „Grotem” został po raz drugi aresztowany przez Niemców.
Aresztowanie byłego marszałka Sejmu było jednym z elementów nasilającej się akcji eksterminacji polskich elit. 6 lutego 1940 r. Generalny Gubernator Hans Frank w wywiadzie dla czołowego dziennika niemieckiej propagandy „Völkischer Beobachter” stwierdził: „W Pradze wywieszono wielkie czerwone plakaty podające do wiadomości, że tego dnia rozstrzelano siedmiu Czechów. Powiedziałem sobie wtedy: gdybym chciał przeznaczyć po jednym plakacie na każdych siedmiu rozstrzelanych Polaków, wówczas wszystkie lasy polskie razem wzięte nie wystarczyłyby na wyprodukowanie dostatecznej ilości papieru. […] Tak, musieliśmy się ostro zabrać do rzeczy. Ale teraz spokój został już w znacznej mierze przywrócony”.
Niemal w tym samym czasie, początkach marca 1940 r., na szczytach władz okupacyjnych Generalnego Gubernatorstwa prowadzono narady z udziałem przedstawicieli wszystkich niemieckich formacji bezpieczeństwa. W ich trakcie podkreślano szybki rozwój polskich struktur podziemnych. Sam Hans Frank wskazał na trzy najważniejsze ośrodki oporu przeciwko okupacji – Kościół, inteligencję i tzw. aktywną polskość, a więc Polaków wykazujących jakąkolwiek aktywność narodową poza wąski zakres swobód dopuszczonych przez okupantów. „Wykrytych dotąd osobników z kręgu przywódców polskich należy likwidować, nowy narybek mieć na oku i w odpowiednim momencie usunąć” – zaznaczał Frank. Przedstawiciele Wehrmachtu podkreślali również, że kończąca się zima oznacza rychły początek walk na froncie zachodnim. Tym samym domagali się zapewnienia spokoju na terenach okupowanych, na których mogłoby dojść do różnego typu aktów sabotażu.
W ostatnich dniach marca przez Generalne Gubernatorstwo przetoczyła się fala aresztowań. Niektóre z nich miały charakter „odwetowy”, ale obejmowały niemal wyłącznie przedstawicieli grup uznawanych za nastawione szczególnie wrogo do okupantów. 29 marca na murach Warszawy pojawiło się obwieszczenie o postrzeleniu dwóch niemieckich żołnierzy pełniących wartę. W odpowiedzi: „Zatrzymano 100 zakładników. Wzywa się ludność oraz rodziny tych zakładników do współdziałania w schwytaniu sprawców. O ile do poniedziałku 1 kwietnia 1940 r. do godziny 14-tej sprawcy nie zostaną ujęci, zakładnicy odpowiadać będą według prawa wojennego”. Aresztowanie objęło w rzeczywistości ponad 100 osób, głównie lekarzy, nauczycieli, adwokatów. 2 kwietnia przy Dębowej w Warszawie rozstrzelano pięciu zakładników oskarżonych o „ukrywanie przestępców”. Tego samego dnia w Palmirach rozstrzelano 100 więźniów aresztowanych kilka tygodni wcześniej w czasie działań przeciwko konspiracyjnej Polskiej Ludowej Akcji Niepodległościowej.
W działaniach wymierzonych w polskie elity w Generalnym Gubernatorstwie czerpano wzory z prowadzonej od pierwszych dni września Intelligenzaktion. Zatrzymania i natychmiastowe egzekucje inteligencji prowadzono przede wszystkim na Pomorzu Gdańskim, Kujawach, Górnym Śląsku i w Wielkopolsce. Aresztowania przeprowadzano na podstawie imiennych „list wrogów Rzeszy” zawierających nazwiska osób z polskiej elity politycznej, społecznej i kulturalnej, sporządzonych przed wojną przez wywiad i przedstawicieli mniejszości niemieckiej. Wzorowana na tych działaniach „Akcja AB” (Nadzwyczajna Akcja Pacyfikacyjna – Außerordentliche Befriedungsaktion) rozpoczęła się w pod koniec maja. Jednak w czasie przygotowań do niej okupanci nie ukrywali, że jest to bezpośrednia kontynuacja aresztowań rozpoczętych dwa miesiące wcześniej. Jak zaznaczył w trakcie jednej z narad SS-Gruppenführer Bruno Streckenbach, wczesnowiosenna fala aresztowań była „początkiem planowej pracy”. Niemiecki zbrodniarz dodał również, że dla niemieckiego aparatu bezpieczeństwa akcja ta będzie trwała tak długo, jak długo „w Generalnym Gubernatorstwie będą istniały elementy oporne w stosunku do władz niemieckich”.
Wśród „elementów opornych” był m.in. Maciej Rataj. Do dziś nieznane są szczegóły jego pobytu na Pawiaku. 21 czerwca 1940 r. razem z innymi więźniami, wśród których był m.in. działacz socjalistyczny Mieczysław Niedziałkowski, został rozstrzelany w Palmirach pod Warszawą. W 1946 r. jego ciało zostało ekshumowane i uroczyście pochowane na tamtejszym cmentarzu. W setną rocznicę odzyskania niepodległości został odznaczony przez prezydenta RP Orderem Orła Białego.
Według planów Streckenbacha Akcja AB miała potrwać do 15 czerwca 1940 r. Jednak dopiero 10 lipca SS-Brigadeführer zameldował Frankowi o jej zakończeniu. Gubernator podsumował jej efekty w trakcie narady 23 lipca. Zatrzymania i egzekucje były kontynuowane do lutego 1941 r., gdy z Generalnego Gubernatorstwa odwołany został Streckenbach. W trakcie „Akcji AB” zamordowano ok. 3,5 tys. aresztowanych. Tysiące trafiły do obozów koncentracyjnych. Niewielka część dożyła końca wojny.