Zgodnie z ustaleniami Instytutu Pamięci Narodowej, w następstwie wydarzeń na Plantach śmierć poniosło 37 osób narodowości żydowskiej oraz trzy osoby narodowości polskiej. Część osób zginęła od postrzałów. 35 Żydów zostało rannych. Podana liczba ofiar nie uwzględnia śmierci mieszkanki Kielc pochodzenia żydowskiego Reginy Fisz i jej kilkutygodniowego dziecka. Ich zabójstwo, dokonane tego samego dnia na tle rabunkowym, nie miało bezpośredniego związku z wydarzeniami przy ul. Planty.
4 lipca w Kielcach i okolicach miały miejsce również inne zajścia, w których pokrzywdzonymi stali się Żydzi. Takie zdarzenia odnotowano w okolicy dworca kolejowego oraz w pociągach kursujących z Kielc i do Kielc.
Po pogromie ówczesne władze postawiły przed sądem 49 osób w jedenastu procesach karnych, oskarżając je o udział w zajściach.
Jak podaje Andrzej Jankowski w publikacji IPN-u "Wokół pogromu kieleckiego", wśród oskarżonych było 30 mundurowych i 19 cywilów (w tym jeden kontraktowy pracownik milicji). Mundurowi to: funkcjonariusz Urzędu Bezpieczeństwa (UB), 14 funkcjonariuszy Milicji Obywatelskiej (MO), dwóch oficerów i trzech żołnierzy Wojska Polskiego (WP), ośmiu żołnierzy Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego (KBW), strażnik więzienny i wartownik z Komitetu Wojewódzkiego Polskiej Partii Socjalistycznej.
Postawiono im zarzuty dotyczące m.in. bicia i kopania Żydów, kradzieży ich mienia, rozpowszechniania wiadomości powodujących rozszerzenie się zajść, nawoływania do waśni narodowościowych.
W pierwszym pokazowym procesie, przeprowadzonym z pogwałceniem podstawowych zasad procesowych, oskarżono 12 osób, także uczestników zabójstwa Fisz i jej dziecka. Oskarżonymi byli: gospodyni domowa, stolarz, brukarz, goniec, fryzjer, szewc, ślusarz, piekarz, woźny, b. zawodowy żołnierz i dwaj milicjanci. Jeden z oskarżonych był chory psychicznie.
Dziewięć osób - m.in. obu milicjantów - skazano na kary śmierci. Już 12 lipca 1946 r., dzień po publikacji wyroku, kary wykonano. Trójkę pozostałych oskarżonych skazano na kary kilkuletniego więzienia.
W kolejnych procesach zapadły mniej surowe wyroki - nikt nie został skazany na karę śmierci, a jedna osoba usłyszała karę dożywocia. Ogłaszano też kary kilkuletniego więzienia, także w zawieszeniu. Niektórych oskarżonych uniewinniono.
Sądzeni byli także szef Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego (WUBP) w Kielcach oraz komendant wojewódzki MO i jego zastępca. Dwie osoby uniewinniono, jedną skazano na rok więzienia - po kilku miesiącach warunkowo wyszła na wolność.
Próby dotarcia do prawdy o pogromie kieleckim z 4 lipca 1946 r. zakończyły się tylko częściowym powodzeniem. Powstał precyzyjny opis przebiegu zajść na ul. Planty, badacze nadal jednak poszukują odpowiedzi na pytanie: czym naprawdę były tamte wydarzenia.
Dowody zebrane w sprawie, w postaci zeznań i relacji uzyskanych zarówno w śledztwach prowadzonych bezpośrednio po wydarzeniach, jak też w postępowaniu prowadzonym po 1991 r., potwierdzają jedynie udział w tych przestępstwach zarówno ludności cywilnej, zebranej przed budynkiem na Plantach, jak i milicji oraz wojska.
Zeznania świadków zawierają liczne opisy bicia przy użyciu niebezpiecznych narzędzi poszczególnych osób narodowości żydowskiej, jednak żaden dowód nie pozwalał - w ocenie prokuratora pionu śledczego IPN - przypisać konkretnemu sprawcy dokonania konkretnego przestępstwa.
Mimo że w toku wieloletniego śledztwa przesłuchanych zostało około 170 świadków, zebrane dowody nie dały podstaw do przedstawienia zarzutów komukolwiek. Dlatego postępowanie karne w sprawie kieleckiej zbrodni, prowadzone przez prokuratora Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Krakowie Krzysztofa Falkiewicza, zostało umorzone 21 października 2004 r. Od jesieni 2016 r. Komisja prowadzi kwerendę archiwalną, dotyczącą pogromu w Kielcach – ma się zakończyć na przełomie lipca i sierpnia.
Jako najbardziej prawdopodobną hipotezę przyczyny tragicznych zajść w postanowieniu o umorzeniu śledztwa przyjęto, że "wydarzenia kieleckie z 4 lipca 1946 r. miały charakter spontaniczny i zaistniały wskutek nieszczęśliwego zbiegu kilku okoliczności natury historycznej i współczesnej".
Zdaniem prokuratora IPN, Polacy obawiali się po wojnie żydowskich roszczeń o zwrot majątków pozostawionych w czasie okupacji, a zwłaszcza domów obywateli narodowości żydowskiej, które po zakończeniu wojny zajęli polscy lokatorzy. Jednocześnie sytuacja materialna Żydów w Kielcach oceniana była przez kielczan jako znacznie lepsza niż ich własna. Stan zamożności wzmagał poczucie odrębności narodowej, pogłębiane dodatkowo przez różnice religijne.
Znaczący wpływ na negatywny stosunek mieszkańców Kielc do Żydów miała też nadreprezentacja osób tej narodowości w organach władzy komunistycznej, w tym zwłaszcza aparatu bezpieczeństwa, kojarzonego ogólnie z bezwzględnym traktowaniem polskich patriotów z organizacji poakowskich, które na Kielecczyźnie były bardzo aktywne i miały społeczne poparcie.
W opinii prok. Falkiewicza, tym tłumaczyć należy łatwe przyjęcie za wiarygodną historii o porwaniu przez Żydów 8-letniego Henryka Błaszczyka - rzekomej ofiary rytualnego mordu, potwierdzonej w sposób bezkrytyczny przez funkcjonariuszy MO, którzy podjęli pierwsze czynności w tej sprawie.
Atmosferę w tłumie przed budynkiem przy ul. Planty pogorszył widoczny konflikt między milicjantami a przybyłymi tam funkcjonariuszami WUBP, co zostało odebrane jako próba ochrony Żydów ze strony aparatu bezpieczeństwa. Fakt ten spowodował również pojawienie się w tłumie haseł narodowościowych i antyrządowych oraz antykomunistycznych.
Istotnym czynnikiem, który spowodował wybuch agresji były pierwsze strzały z broni palnej, które padły w budynku żydowskim. Przyjęte one zostały przez zgromadzonych na ulicy jako oddane przez mieszkańców tego domu do interweniujących żołnierzy i milicjantów. Pojawiła się też informacja, że postrzelony został polski oficer. Wtedy żołnierze skierowali swoje agresywne zachowanie przeciwko Żydom, bijąc ich i wyrzucając na plac, gdzie bił ich agresywny tłum. W biciu i zabijaniu Żydów brali udział żołnierze WP, KBW, milicjanci oraz osoby cywilne. Dochodziło do przeszukiwania pobitych i zabitych, kradzieży ich mienia.
"Zachowanie mieszkańców Kielc było typowe dla reakcji tłumu. Akty okrucieństwa należy przy tym tłumaczyć zmniejszoną wrażliwością, wynikającą z obserwacji wydarzeń z czasów wojny i okupacji, gdzie śmierć człowieka nie jawiła się jako fakt wyjątkowy" - ocenił prokurator IPN.
Zdaniem prokuratora, nie można przypisywać agresywnego zachowania wszystkim uczestnikom wydarzeń, których w szczytowym momencie było przed budynkiem ok. 500. "Grupę agresywnych uczestników z ludności cywilnej należy szacować na co najwyżej kilkadziesiąt osób, których swym działaniem skierowanym przeciwko żydowskim mieszkańcom domu, wspomagała grupa żołnierzy WP, KBW i milicjantów. Efektem udziału jednostek mundurowych były ofiary śmiertelne na skutek postrzałów z broni palnej i ranni z ranami postrzałowymi oraz ranni od bagnetów wojskowych" - uzasadniał prok. Falkowicz.
Wg prok. Falkiewicza intensyfikację wydarzeń umożliwiły źle zorganizowane działania służb odpowiedzialnych za utrzymanie bezpieczeństwa obywateli. W świetle istniejących dowodów, nieskuteczność działań władzy trzeba tłumaczyć nietrafną oceną możliwości rozszerzenia się wydarzeń i związanego z nimi zagrożenia życia Żydów. Wpływ na dysfunkcyjność działań UB i MO miały osobiste relacje między kierownictwem tych organów w Kielcach.
Główną przyczyną uniemożliwiającą opanowanie sytuacji była niemożność użycia broni palnej wobec agresywnej grupy osób z tłumu. Zakaz taki wynikał z wyraźnych poleceń, wydawanych przez funkcjonariuszy państwowych szczebla centralnego.
W śledztwie weryfikowano sześć innych hipotez. Odrzucono m.in. niesiony przez propagandę komunistyczną tuż po zdarzeniach motyw zakładający, że wydarzenia kieleckie zostały sprowokowane inspiracją rządu emigracyjnego w Londynie i podziemia niepodległościowego w kraju, dla skompromitowania komunistycznego aparatu władzy i wykazania, że nie jest on w stanie kontrolować społeczeństwa polskiego.
Teza ta była częścią uzasadnienia aktu oskarżenia i wyroku pierwszego procesu po pogromie. Zaprzeczali tej tezie m.in. funkcjonariusze UB, przesłuchiwani w latach 90. Nie stwierdzono też, by którejkolwiek z osób podejrzanych, oskarżonych i skazanych w kilku procesach, przedstawiono zarzut przynależności do niepodległościowych organizacji.
Odrzucono też tezę, jakoby wydarzenia kieleckie sprowokowały tajne służby Związku Radzieckiego w celu skompromitowania Polski na arenie międzynarodowej, co mogłoby dać argument rządom państw zachodnich do nieingerowania w politykę Stalina wobec Polski.
Relacje dwojga funkcjonariuszy UB sugerujące rolę w sprawie agenta służb radzieckich, urzędującego w tym czasie w Kielcach oraz mówiące o agenturalności Walentego Błaszczyka (ojca małego Henryka), nie znalazły potwierdzenia w dowodach. Prokurator uznał też, iż biorąc pod uwagę ówczesną sytuację polityczną, brak "oczywistego interesu ZSRR" w zorganizowaniu przez jego tajne służby tego typu wydarzeń.
W tym wątku analizowano też zachowanie 4 lipca 1946 r. szefa WUBP w Kielcach, Władysława Sobczyńskiego, który w czasie II wojny światowej był funkcjonariuszem NKWD. Prokurator wskazał, że jego bierność i brak właściwego zaangażowania w czasie wydarzeń trzeba tłumaczyć bardziej jego osobistą postawą wobec Żydów, faktem iż był "radykalnym antysemitą" (jako członek oddziałów Armii Ludowej brał udział w zabójstwach Żydów w regionie), niż wysuwać sugestie iż jego zachowanie było spowodowane wytycznymi, otrzymanymi od przełożonych w tajnych służbach sowieckich - na co zresztą nie znaleziono dowodów.
Badano też hipotezę zakładającą, że pogrom kielecki został sprowokowany przez kierownictwo organów bezpieczeństwa, na szczeblu krajowym lub wojewódzkim, za pośrednictwem kieleckiego UB i milicji - dla przerzucenia odpowiedzialności na podziemie niepodległościowe i ewentualne odwrócenie uwagi światowej opinii publicznej od faktu sfałszowania wyników czerwcowego referendum.
Tezę tę odrzucono m. in. ze względu na konsekwencje pogromu - przebieg wydarzeń pokazał słabość władz, a zajścia przybrały antyrządowy charakter. Prokurator przypomniał, iż funkcjonariuszy pociągnięto do odpowiedzialności karnej, zmieniono też kadrę kierowniczą służb mundurowych i administracji państwowej w Kielcach. Innym powodem odrzucenia tej tezy był konflikt pomiędzy funkcjonariuszami UB i milicji, także personalny pomiędzy szefem WUBP i zastępcą komendanta wojewódzkiego milicji.
Prokurator uznał, że materiał dowodowy nie wskazał jednoznacznie na zaistnienie którejkolwiek z tych hipotez.
Od jesieni 2016 r. Oddziałowa Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Krakowie prowadzi kwerendę archiwalną, dotyczącą pogromu kieleckiego. Badanie dokumentów ma pomóc w ustaleniu, czy są powody do ewentualnego podjęcia umorzonego wcześniej śledztwa. W przypadku ujawnienia nowych dowodów i okoliczności, postępowanie karne może być w każdym czasie podjęte na nowo.