Hoess został skazany na śmierć w procesie przed Najwyższym Trybunałem Narodowym w Warszawie, który rozpoczął się 11 marca 1947 r. i trwał do 29 marca. W tym czasie wysłuchano 85 świadków, byłych więźniów Auschwitz. Hoess był spokojny i opanowany. Potwierdzał wszystko, co ukazywało funkcjonowanie obozu. 2 kwietnia Trybunał ogłosił wyrok: śmierć przez powieszenie.
Założyciel Auschwitz czekał na egzekucję w więzieniu w Wadowicach. W archiwum tamtejszej parafii Ofiarowania NMP zachowały się dokumenty świadczące, że pod koniec życia zwrócił się ku Bogu. W celi wyspowiadał go jezuita ojciec Władysław Lohn. Kościelny Karol Leń wspominał później, że po komunii Hoess ukląkł na środku celi i płakał.
W więzieniu napisał wspomnienia, a także - na cztery dni przed śmiercią - oświadczenie, w którym przyznał, że jako komendant obozu urzeczywistniał "część straszliwych planów Trzeciej Rzeszy - ludobójstwa". "Szczególnie narodowi polskiemu zgotowałem niewysłowione cierpienia. Za odpowiedzialność moją płacę życiem. Oby mi Bóg wybaczył kiedyś moje czyny. Naród polski proszę o przebaczenie" - napisał.
Hoess został przywieziony na egzekucję do Oświęcimia 16 kwietnia 1947 r. ok. godz. 8.00. Wprowadzono go do budynku dawnej komendantury. Egzekucja została wykonana o godz. 10.05 w obecności m.in. salezjanina z Oświęcimia ks. Tadeusza Zaremby, o co prosił skazany. Zgon stwierdził lekarz więzienny Zygmunt Wisznowicer. Protokół z egzekucji został podpisany o godz. 10.30. Zwłoki przekazano naczelnikowi wadowickiego więzienia Stanisławowi Wiśniewskiemu. Najprawdopodobniej zostały skremowane.
Rudolf Franz Ferdinand Hoess urodził się 25 listopada 1900 r. w Baden-Baden. Podczas I wojny światowej w sierpniu 1916 r. zgłosił się ochotniczo do wojska, gdzie trafił do oddziału kawalerii niemieckiej, stacjonującego w sprzymierzonej z Niemcami Turcji. Walczył na froncie azjatyckim, otrzymując stopień podoficerski i odznaczenia.
Do Niemiec Hoess powrócił w 1919 r. Rozpoczął działalność w oddziałach ochotniczych, które zwalczały m.in. powstańców polskich w Wielkopolsce i na Śląsku. W 1922 r. wstąpił do NSDAP. W następnym roku uczestniczył w morderstwie Waltera Kadowa, który miał wydać w ręce Francuzów rozstrzelanego później za sabotaż Alberta Schlagetera. Hoess został skazany na 10 lat więzienia. Dzięki amnestii wyszedł na wolność w 1928 r.
Osiadł na roli w Brandenburgii, a później na Pomorzu, gdzie ożenił się z Hedwig Hensel. Tam urodziło się troje ich dzieci, czwarte przyszło na świat w Dachau, a piąte w Auschwitz. W 1934 r. wstąpił do SS. Cztery lata później podjął służbę w KL Sachsenhausen. W następnym roku awansował na zastępcę komendanta.
Wiosną 1940 r. otrzymał nominację na komendanta powstającego KL Auschwitz, w którym początkowo więzieni byli prawie sami Polacy. Obóz miał służyć jako instrument terroru, a następnie eksterminacji tysięcy polskich patriotów. Stopniowo przekształcił się w miejsce masowej zagłady Żydów. Ginęli w nim m.in. też Romowie i jeńcy sowieccy.
Rodzina Hoessa zamieszkała w willi położonej tuż przy obozowych drutach. "Dzieci mogły szaleć do woli, żona miała tyle ulubionych kwiatów, że czuła się wśród nich jak w raju" - napisał Hoess we wspomnieniach. Jego żona mawiała: "Tu żyć i tu umierać".
U schyłku wojny były komendant pozostawił rodzinę w Holsztynie, a sam zaczął się ukrywać pod nazwiskiem bosmana marynarki Franza Langa. Dostał się do niewoli brytyjskiej, ale nie rozpoznany został zwolniony. Hoess był intensywnie poszukiwany. Został zatrzymany pod Flensburgiem w nocy z 11 na 12 marca 1946 r.
25 maja 1946 r. były komendant Auschwitz został wydany Polsce, w której cztery miesiące wcześniej został utworzony Najwyższy Trybunał Narodowy, krajowy odpowiednik Międzynarodowego Trybunału Wojskowego w Norymberdze.