Sukcesy Armii Czerwonej na froncie wschodnim w 1943 roku i jej zbliżanie się do granic II RP wywoływały ogromne obawy władz Polskiego Państwa Podziemnego dotyczące zachowania się Sowietów po wkroczeniu na tereny należące przed wojną do państwa polskiego. Sytuację komplikowało zerwanie przez Moskwę w kwietniu 1943 roku, po ujawnieniu zbrodni katyńskiej przez Niemców, stosunków dyplomatycznych z rządem polskim w Londynie.
W tym okresie doszło także do zasadniczych zmian we władzach podziemnych i emigracyjnych, wywołanych aresztowaniem w Warszawie dowódcy AK gen. Stefana Roweckiego "Grota" (30 czerwca 1943 roku) oraz śmiercią Naczelnego Wodza i premiera gen. Władysława Sikorskiego (4 lipca 1943 roku).
Następca gen. Roweckiego, gen. Tadeusz Komorowski "Bór" 20 listopada 1943 roku wydał rozkaz o rozpoczęciu na terenie kraju planu "Burza", czyli zbrojnego powstania lub wzmożonej dywersji przeciwko okupantowi niemieckiemu. Rodzaj działań miał być uzależniony od ilości sił przeciwnika na danym terenie.
Rozkaz stwierdzał m.in.: "Wobec wkraczającej na ziemie nasze regularnej armii rosyjskiej wystąpić w roli gospodarza. Należy dążyć do tego, aby naprzeciw wkraczającym oddziałom sowieckim wyszedł polski dowódca mający za sobą bój z Niemcami i wskutek tego najlepsze prawo gospodarza. Miejscowy dowódca polski winien się zgłosić wraz z mającym się ujawnić przedstawicielem cywilnej władzy administracyjnej u dowódcy oddziałów sowieckich i stosować się do jego życzeń".
Z militarnego punktu widzenia "Burza" była próbą współpracy polsko-sowieckiej w walce z Niemcami, natomiast w wymiarze politycznym jej celem było skłonienie Sowietów do uznania polskich praw do ziem II Rzeczypospolitej, na które wkraczała Armia Czerwona. Władze podziemne pragnęły skłonić Rosjan do uznania władzy rządu na emigracji oraz wschodniej granicy Polski sprzed 1939 roku, a także dążyły do wyłączenia Rzeczpospolitej spod sowieckiej strefy wpływów.
Doświadczenia z walk na Wileńszczyźnie pokazywały, że strona sowiecka nie zamierza uznawać polskiej niezależności. Nawet wspólna walka z wojskami niemieckimi nie przeszkadzała później Sowietom w aresztowaniach przedstawicieli cywilnych władz państwa polskiego oraz dowódców AK i ich żołnierzy lub wcielaniu ich do armii Berlinga.
Pierwotny plan "Burza" nie przewidywał walk na terenie dużych miast dla oszczędzenia ich mieszkańców i zabudowy. Jednak w lipcu 1944 roku dowódca AK gen. Komorowski wydał rozkaz zajmowania także dużych miast, który od 21 lipca dotyczył również stolicy, co przyczyniło się także do wybuchu Powstania Warszawskiego. Objęcie akcją większych miast uznano za ważne, by uwiarygodnić Polskie Państwo Podziemne jako gospodarza wobec wkraczającej Armii Czerwonej.
Oficjalnie akcja "Burza" rozpoczęła się 15 stycznia 1944 roku na Wołyniu walkami 27. Wołyńskiej Dywizji Piechoty AK z Niemcami. Już podczas tych działań widoczne było negatywne stanowisko Sowietów, którzy w trakcie walk rozbrajali jednostki polskie, które musiały przejść przez linię frontu. Mimo to mobilizowano kolejne oddziały, z których największe wyzwalały wraz z Armią Czerwoną Wilno. Pomimo pozytywnych efektów wspólnej batalii, kilka dni później NKWD rozbroiło i internowało polskie oddziały. Mimo to AK decydowała się na kontynuację wspólnej walki z Sowietami oraz na samodzielne akcje, w których zajęła kilka ważniejszych miast.
Łącznie akcja "Burza" objęła tereny praktycznie całej II Rzeczpospolitej. Sowieci, chociaż chętnie przyjmowali pomoc AK w walkach z Niemcami, po ich pomyślnym zakończeniu aresztowali, rozbrajali, a często nawet rozstrzeliwali mniejsze oddziały polskie. Aresztowanych żołnierzy przymusowo wcielano do armii Berlinga lub wywożono do obozów w głąb Rosji.
Także w sensie politycznym nie osiągnięto pozytywnych efektów. Państwa zachodnie informowane przez polskie władze o sowieckich akcjach przeciwko Polakom, praktycznie nie reagowały, zwłaszcza że Stalin umniejszał rolę AK, podkreślając kluczową rolę polskich komunistów.
Rozkaz o zakończeniu akcji "Burza" wydał 26 października 1944 roku komendant główny AK gen. Leopold Okulicki "Niedźwiadek". W sumie w akcji wzięło udział ponad 100 tys. żołnierzy. Ok. 20-30 tys. osób zostało wywiezionych w głąb ZSRS, z czego większość nigdy nie wróciła do kraju. Na skutek działań NKWD uwięziono ok. 50 tys. żołnierzy AK uczestniczących w akcji "Burza", głównie za odmowę wstąpienia do armii Berlinga.
Reperkusje akcji odczuła także ludność cywilna, zwłaszcza na dawnych ziemiach wschodnich Rzeczpospolitej. Miały miejsce liczne pacyfikacje polskich wsi i miasteczek, deportacje Polaków w głąb Rosji oraz grabież polskich dóbr kultury.