Proces rozpoczął się 15 lipca 1952 r. przed Najwyższym Sądem Wojskowym w Warszawie. Rozprawie przewodniczył płk Piotr Parzeniecki. Na ławie oskarżonych zasiedli oficerowie Dowództwa Marynarki Wojennej i Wydziału Marynarki Wojennej w Sztabie Generalnym WP: kmdr Stanisław Mieszkowski, kmdr por. Zbigniew Przybyszewski, kmdr por. Robert Kasperski, kmdr ppor. Wacław Krzywiec, kmdr Marian Wojcieszek, kmdr Jerzy Staniewicz i kmdr por. Kazimierz Kraszewski.
Wymienieni oficerowie w okresie międzywojennym służyli w Marynarce Wojennej. We wrześniu 1939 r. walczyli na Helu. W październiku po kapitulacji dostali się do niewoli niemieckiej.
Od wiosny 1940 r. do stycznia 1945 r. przebywali w oflagu II C Woldenberg. Po zakończeniu wojny powrócili do Polski i rozpoczęli służbę w odbudowywanej Marynarce Wojennej.
Wszyscy oni aresztowani zostali w okresie od września 1950 r. do grudnia 1951 r. Śledztwo przeciwko nim prowadził Główny Zarząd Informacji WP, jednak część zadań śledczych i operacyjnych wykonywał również Zarząd Informacji Marynarki Wojennej, którym kierował kmdr Jerzy Szerszeń, a jego doradcą sowieckim był kmdr por. Nikołaj Prystupa.
Aresztowanych oficerów Marynarki Wojennej traktowano w sposób wyjątkowo brutalny. Kmdr Wojcieszek całymi dniami trzymany był bez ruchu w jednej pozycji, sypiał do kilkunastu minut na dobę, dostając minimalne ilości pożywienia. Swój stan z tego okresu tak opisywał po kilku latach: „Pod koniec miesiąca dolne kończyny, siedzenie, oczy, gardło, struny, głosowe, język, a przede wszystkim umysł przestały funkcjonować. Nogi nabrzmiałe od opuchlizny, nabrzmiałe gruczoły w gardle. Na siedzeniu odciski nie pozwalające siedzieć bez ruchu. Zmęczenie wzroku takie, że przed sobą widziałem nie istniejące w świecie przeźroczyste rośliny i walące się na mnie wszystko, co mnie otacza. W głowie szum, ucisk i takie ogłupienie, że na zrozumienie najprostszych zdań potrzebowałem czasu. Stać bez oparcia nie mogłem, gdyż prądy bezsenności zwalały mnie z nóg. Stale zapadałem w halucynacje i przemijające początki obłąkania”.
Efekty podobnych przesłuchań tak przedstawiał kmdr ppor. Krzywiec: „W okresie najcięższym w moim życiu, będąc zupełnie załamanym, wyniszczonym moralnie i fizycznie utraciłem wiarę w sprawiedliwość, praworządność, uczciwość; w ogóle ludzi i samego siebie. Zostałem doprowadzony do stanu skrajnego upodlenia, skoro zeznawałem na innych i samego siebie same kłamstwa, bzdury sugerowane, perfidnie mi podpowiadane w czasie śledztwa. (...) Pod naciskiem władz śledczych powstawała historia, która nigdy nie miała miejsca...”.
W okresach, kiedy wobec oskarżonych nie stosowano psychicznych i fizycznych tortur, najczęściej odwoływali swoje zeznania. Wówczas śledczy ponownie wracali do stosowanych wcześniej metod.
Szczególnie brutalni, według zatrzymanych oficerów Marynarki Wojennej, byli szef sekcji śledczej mjr Eugeniusz Niedzielin oraz kpt. Mikołaj Kulik.
Do żadnych przestępstw nie przyznał się w śledztwie kmdr por. Kasperski, pomimo tego, iż był on przesłuchiwany w szczególnie okrutny sposób.
W akcie oskarżenia odczytanym w trakcie rozprawy sądowej stwierdzano m.in., że kmdr por. Przybyszewski i kmdr por. Kasperski już na początku 1946 r. zorganizowali w Szkole Specjalistów Morskich tzw. grupę bojową, która miała za zadanie „współdziałać z interwentami imperialistycznymi w wypadku starcia zbrojnego pomiędzy obozem socjalizmu a imperializmu”. Dołączyć miał do nich kmdr Mieszkowski. Wymienionym oficerom zarzucono stworzenie w Marynarce Wojennej dywersyjno-szpiegowskiej organizacji, „mającej na celu walkę o obalenie władzy ludowej”. Przyłączyć się miał do niej również kmdr Staniewicz.
Podobne „grupy bojowe” miały powstawać w innych jednostkach Marynarki Wojennej, m.in. w dywizjonie ścigaczy. W kwietniu 1947 r. nastąpić miało nawiązanie współpracy pomiędzy „konspiracją marynarską” a centralną konspiracją w Wojsku Polskim, wówczas to spotkać się mieli kmdr Mieszkowski i gen. Józef Kuropieska.
Akt oskarżenia zarzucał także kmdr Mieszkowskiemu, kmdr por. Przybyszewskiemu, kmdr por. Kasperskiemu, kmdr ppor. Krzywcowi, kmdr por. Kraszewskiemu i kmdr Staniewiczowi działalność „dywersyjno-szpiegowską”, do której zwerbować ich miał w październiku 1947 r. kmdr por. Tadeusz Perdzyński.
W trakcie procesu zeznania złożone w śledztwie odwołał kmdr Wojcieszek, mówiąc, iż były one składane w stanie fizycznego, nerwowego i psychicznego wycieńczenia.
Do zarzucanych mu czynów nie przyznał się również kmdr por. Kasperski.
21 lipca 1952 r. wyrokiem Najwyższego Sądu Wojskowego kmdr Marian Wojcieszek, kmdr por. Zbigniew Przybyszewski, kmdr Stanisław Mieszkowski, kmdr por. Robert Kasperski i kmdr Jerzy Staniewicz skazani zostali karę śmierci. Kmdr ppor. Wacław Krzywiec i kmdr por. Kazimierz Kraszewski na karę dożywotniego więzienia.
Po wyroku skazani, z wyjątkiem kmdr por. Przybyszewskiego, napisali prośby o rewizję wyroków do Zgromadzenia Sędziów Najwyższego Sądu Wojskowego. Zwrócili się także z prośbą o łaskę do Prezydenta RP. Kmdr por. Kasperski i kmdr Wojcieszek nie przyznawali się do zarzucanych im czynów. Pozostali skazani tłumaczyli się nieświadomością szkodliwości swoich działań, deklarowali również chęć dalszej pracy dla Polski Ludowej.
Zgromadzenie Sędziów Najwyższego Sądu Wojskowego potwierdziło zasadność wydanego wyroku, nie widząc podstaw dla złagodzenia kary.
Prezydent RP 19 listopada 1952 r. zamienił kmdr por. Kasperskiemu i kmdr Wojcieszkowi karę śmierci na dożywotnie więzienie, natomiast nie skorzystał z prawa łaski wobec pozostałych skazanych, którzy zostali straceni – kmdr Staniewcz 12 grudnia 1952 r., a kmdr por. Przybyszewski i kmdr Mieszkowski 16 grudnia 1952 r.
24 kwietnia 1956 r. Najwyższy Sąd Wojskowy uchylił wyrok z 21 lipca 1952 r., a 26 kwietnia sprawa została umorzona z braku jakichkolwiek dowodów winy.