Urodził się 10 sierpnia 1952 roku w Wiśle, na Śląsku Cieszyńskim, w rodzinie ewangelickiej. W jego książkach stale powraca temat dzieciństwa i tradycji rodzinnych. "Mam w sobie ten lęk, który jest kłopotliwy: synka, z małej miejscowości, z Wisły, i nim w gruncie rzeczy jestem" - mówił o sobie pisarz. Pilch wprowadził do polskiej literatury świat ewangelików - niewielkiej społeczności rządzącej się własnymi, surowymi regułami, ludzi obowiązkowych, praktycznych, bogobojnych. Ewangelicy Pilcha znaleźli schronienie w górach i do dziś dnia z pewną nieufnością odnoszą się do katolickiej większości Polaków z równin.
"Nie chciałbym mieć innego życia. Luterstwo dało mi siłę; przy wszystkich moich słabościach jest to myślę siła znaczna. Np. zawsze byłem i jestem święcie przekonany, że żeby coś osiągnąć w sztuce, trzeba mieć tryb pracy księgowego i najlepiej, żeby to był księgowy o ewangelickich korzeniach. Żadnej cyganerii, żadnego natchnienia, żadnych upojeń. Moją tragedią i moim paradoksem jest oczywiście to, że przy takich przeświadczeniach, przy takim głodzie ascezy i dyscypliny, przy tak wielkiej niechęci, jaką mam np. do pijaków - okoliczności życiowe, jakby to powiedział Konwicki, zmusiły mnie do wypicia kilku cystern spirytusu. Niezbadane są wyroki pańskie..." - mówił Pilch.
Autor "Bezpowrotnie utraconej leworęczności" uważany jest za jednego z najciekawszych językowo polskich autorów i sam przyznaje, że wielki wpływ na jego język wywarła pierwsza lektura - Biblia w starym przekładzie tzw. Biblia Gdańska, a także ewangelickie pieśni.
Pilch w Wiśle mieszkał do 10 roku życia, potem wraz z rodzicami przeniósł się do Krakowa, gdzie ukończył filologię polską na Uniwersytecie Jagiellońskim, pracę nad doktoratem pod kierunkiem prof. Jana Błońskiego przerwał w okresie stanu wojennego. Wtedy Pilch na serio zajął się publicystyką i literaturą. Wierną publiczność zdobył sobie jako autor satyrycznych felietonów literackich czytanych na spotkaniach krakowskiego czasopisma mówionego "Na Głos".
"Moje pisarstwo rozpoczęło się od ogromnego głodu zostania pisarzem, pragnienia wstąpienia do tego cechu, noszenia niewidzialnego munduru. Nosiłem wtedy, w okolicach 30. roku życia swoje próbki literackie do Kornela Filipowicza i fascynował mnie jego sposób życia, nieodnawiane mieszkanie, rytuały pisarskie. W sensie zewnętrznym - moje marzenia się spełniły, jestem pisarzem, nawet nie bez pewnych sukcesów. Natomiast szczęśliwszy byłem jako tamten 30-latek, marzący o profesji pisarza" - wspominał na jednym ze spotkań z czytelnikami w Warszawie.
Na początku lat 80. Pilch zaczął publikować felietony w "Tygodniku Powszechnym". Ukazywały się one przez niemal dekadę i zyskały autorowi opinię jednego z najwybitniejszych polskich felietonistów. Pilch traktował "Tygodnik" jako swoją macierzystą redakcję, podziwiał ludzi, z którymi zetknął się w krakowskiej redakcji na Wiślnej. Jednak w marcu 1999 roku przeniósł się ze swoimi felietonami na łamy "Polityki", w latach 2006-2009 ukazywały się one w "Dzienniku", a ostatnich latach - w "Przekroju".
Pierwszą książkę Pilcha, "Wyznania twórcy pokątnej literatury erotycznej" (Londyn 1988) uhonorowano nagrodą Fundacji im. Kościelskich. Powieść "Spis cudzołożnic" (1993) doczekała się ekranizacji z brawurową rolą Jerzego Stuhra, a film został nagrodzony na Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych za scenariusz i dialogi. Aż cztery książki Pilcha były nominowane do Literackiej Nagrody NIKE. Po nominacjach dla "Monologu z lisiej jamy" (1996), "Tezach o głupocie, piciu i umieraniu" (1997) i "Bezpowrotnie utraconej leworęczności" (1998) "Pod Mocnym Aniołem" w 2001 roku przyniosła autorowi tę nagrodę.
"Pod Mocnym Aniołem" to opowieść o piciu, zakochaniu i otrzeźwieniu pisarza-alkoholika Jurusia. Autor, gorąco zaprzeczając autobiograficznemu charakterowi powieści, deklarował jednocześnie, że zawarł w niej "całą prawdę o chlaniu". Pod Mocnym Aniołem - to knajpa, do której bohater zachodzi po wizytach na oddziale deliryków doktora Granady, "w celu uporządkowania doznań" przy pomocy kilku setek. Ostatecznie życie Jurusia porządkuje jednak miłość. Autobiograficzne interpretacje "Pod Mocnym Aniołem" nasuwały się same - autor znany jest z tego, że za kołnierz nie wylewa. Wisława Szymborska napisała o nim w swojej "Galerii" postaci krakowskiego życia kulturalnego: "Tu Pilch z kieliszkiem pustym w ręce/ malarz dał wyraz jego męce", a do kanonu popularnych powiedzeń przeszła fraza Pana Trąby, bohatera pilchowskich "Tysiąca spokojnych miast", który mawia: "Ja nie dla smaku piję, ale dla wzmożenia egzystencji".
Już w warszawskiej epoce życia Pilcha ukazała się powieść "Miasto utrapienia" (2004), jeden z jej wątków został rozbudowany w dramacie "Narty Ojca Świętego"(2004). Potem ukazał się zbiór opowiadań "Moje pierwsze samobójstwo" ( 2006) i kolejna powieść - "Marsz Polonia" (2008). W większości książek Pilcha pojawiają się motywy alkoholu i miłości, a także opowieści o dzieciństwie w ewangelickiej Wiśle. "Wiem, że jestem autorem jednej książki, piszę cały czas to samo i cały czas obracam się wewnątrz jednego gatunku literackiego" - powiedział Pilch o swojej twórczości w rozmowie z "Res Publicą Nową" w 2002 roku.
Pilch deklaruje, że czuje się prozaikiem piszącym felietony. "To nie jest też tak, że jak chcę pisać felietony, to nie piszę książki. Choć podkreślam, że jestem przede wszystkim pisarzem piszącym felietony, to obie czynności chcę i lubię robić, są dla mnie równoważne. Dobrze napisany felieton albo dobry pomysł na felieton dostarcza tylu emocji, co dobry pomysł na opowiadanie, co więcej jest to podobne zajęcie. Gros moich tekstów felietonistycznych poświęconych jest literaturze, wiele z felietonów to opowiadania, więc wielkich różnic tu nie ma" - powiedział portalowi Merlin w 2004 roku.
Pilch deklaruje, że jego ulubionym pisarzem, do którego stale wraca, jest Bruno Schulz: "Należę do tych, co Brunona Schulza wielbią bezgranicznie; nie tyle doń nieustannie wracam, ile praktycznie od dziesięcioleci się z nim nie rozstaję. Tak jest: zabrałbym go na bezludną wyspę, tak jest: chciałbym z nim w zaświatach pogadać, tak jest: chciałbym się z nim - napić" - pisze w "Dzienniku". Uważa się też za ucznia Tadeusza Konwickiego. Jerzy Pilch jest jednym z niewielu tak zagorzałych wielbicieli piłki nożnej wśród pisarzy. Kibicuje klubowi Cracovia.
Najnowsza książka Jerzego Pilcha ukazała się wiosną 2012 roku. W tomie "Dziennik" zebrano felietony, które Pilch publikował w "Przekroju" od 21 grudnia 2009 roku do 21 listopada 2011 roku. W lipcu 2012 roku pisarz zdecydował, że felietony będzie publikował znowu w "Tygodniku Powszechnym", a rubryka nosić będzie tytuł "Drugi Dziennik".